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[Gromacs] 关于gromacs的几个问题

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发表于 2012-11-1 09:36:10 | 显示全部楼层 |阅读模式

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1. 请问在用grompp生成tpr文件时,需要提供哪些文件呀?.gro和.top还有.itp是必要的还是optional的额?
2. 我用matlab编程生成了pdb文件,但是用pdb2gmx将pdb文件生成top文件时,有错误提示为: residue ‘BAK’ not found in rsidue topology database.请问我该怎么解决这个问题额?
3. 另外,这个topology database是什么额?需要我自己提供还是是gromacs自带的像库一样的东西?


发表于 2012-11-1 15:13:48 | 显示全部楼层
我也按你的问题来回答吧:
(1)grompp生成tpr文件所需文件为PDB文件或者是gro文件+top文件的任何组合,top文件是必须的里面储存模拟体系的参数信息(如立场、键角等),itp文件和top是差不多的,大概讲来top文件大于或包含itp文件,2者可以转换,此外itp文件还可以储存限制信息,GMX跑MD必需文件是tpr文件,简单来说:tpr=gro(pdb)+top
(2)关于PDB文件的生成,方法很多,最常用的是在蛋白质数据库里面下载(生物体系),如果是自己建立的模拟体系,比如说DNA、RNA、碳纳米管等等,这时候GMX自带的拓扑参数库可能没有,也就出现你这类似的错误,比如BAK不识别,要想识别,必需额外自己做出来BAK的参数库。大致可以有2种方法来处理,一个就是用PRODRG来处理,可以得到GMX参数;另外可以参考amber处理小分子的办法(amber文件,GMX参数化),最终重载实现。
(3)第三个问题我在第二个里面已给出解释,外源性的东西实现起来都需要摸索一段时间。
希望对你有所帮助~~~~
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