Gromacs如何添加新的氨基酸到力场文件中啊？？

zhangmao511 · 发表于 2014-5-20 10:41:02

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本帖最后由 zhangmao511 于 2014-5-20 16:02 编辑

我是新人金币不多，全砸在这个问题上了，这个问题卡的我好郁闷，希望回帖能够给予一定意义的解答，感谢！
我想问一下，我需要做一个新的氨基酸（不是标准的氨基酸），所以我将我新做的氨基酸的PDB文件，放到PRODRG2网站上，生成出如下的Gromacs的拓扑文件。因为我知道Gromacs里添加一下新的氨基酸到力场里，是要修改力场的.rtp文件的，我用的是oplsaa力场。那我现在是将下面的这个拓扑代码修改成oplsaa力场的.rtp文件的格式（oplsaa力场的.rtp文件的格式和下面的PRODRG2 出来的拓扑文件差别好大啊，怎么改啊？？），还是将这个文件直接include到力场的RTP文件里呢？或者其他什么办法呢？？
我主要是想知道如何将Prodrg中生成非标准氨基酸的itp文件，按照aminoacid.rtp改写。。。（因为我用的是oplsaa全原子力场，Prodrg生成的ITP里貌似没有）

PRODRG2出来的Gromacs的拓扑文件：
[ moleculetype ]
; Name nrexcl
LAC    3

[ atoms ]
; nr    type  resnr resid  atom  cgnr charge    mass
   1       OM    1  LSU    O1    1 -0.294  15.9994
   2       C    1  LSU    C4    1 0.337  12.0110
   3       OM    1  LSU    O2    1 -0.294  15.9994
   4    CH2    1  LSU    C3    1 0.126  14.0270
   ……………………

[ bonds ]
; ai  aj  fu c0, c1, ...
2 1 2 0.125  13400000.0 0.125  13400000.0 ; C4 O1
2 3 2 0.125  13400000.0 0.125  13400000.0 ; C4 O2
2 4 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; C4 C3
………………

[ pairs ]
; ai  aj  fu c0, c1, ...
1 5 1                                        ; O1 C2
2 6 1                                        ; C4 C1
3 5 1                                        ; O2 C2

…………

[ angles ]…………
[ dihedrals ]…………

oplsaa力场的.rtp文件的格式是这样的（如果要修改成这样，怎么对应上啊？？纠结！！）：
[ LYS ]
[ atoms ]
   N opls_238 -0.500    1
   H opls_241 0.300    1
CA opls_224B 0.140    1
HA opls_140 0.060    1
…………
[ bonds ]
   N    H
   N CA
CA HA

…………
[ dihedrals ] ; override some with residue-specific ones
   N CA CB CG dih_LYS_chi1_N_C_C_C
CG CB CA    C dih_LYS_chi1_C_C_C_CO
CD CE NZ HZ1 dih_LYS_chi5_C_C_N_H
CD CE NZ HZ2 dih_LYS_chi5_C_C_N_H
[ impropers ]
-C CA    N    H improper_Z_N_X_Y
CA +N    C    O improper_O_C_X_Y

zhangmao511 · 发表于 2014-5-20 10:45:33

其实，我的核心问题是prodrg2出来的拓扑文件，怎么用来修改或者更新力场文件（我用的是oplsaa力场）？？谢谢。

临江仙 · 发表于 2014-5-20 15:23:49

看问题还得交钱？亲，有木有搞错

临江仙 · 发表于 2014-5-20 15:23:55

看问题还得交钱？亲，有木有搞错

zhangmao511 · 发表于 2014-5-20 15:55:42

本帖最后由 zhangmao511 于 2014-5-20 16:15 编辑

实在抱歉，搞错了，谢谢提醒，我本来想回帖奖励的，搞反了。。万分抱歉。
然后，我看到海洋在2013年的时候有一个回帖，说到将Prodrg中生成非标准氨基酸的itp文件，再将itp文件按照aminoacid.rtp改写，来搞定添加非标准氨基酸的力场参数。我现在就是不知道怎么改写RTP

然后，我看到有的回帖说到Prodrg主要用于联合力场的，而且我看PRODRG生成哦结果里面没有我想要的OLPSAA力场，郁闷啊！！！！
刚我有看别人说，prodrg可以生成top和ITP文件吗，直接用就可以了，不用pdb2gmx，可以直接跳过pdb2gmx命令，这个……这个…………这个……？？那为啥有人还将Prodrg中生成的ITP改写RTP文件呢？疑问？？

浪模拟 · 发表于 2014-11-27 14:17:28

这个应该需要修改生成的文件吧

zhangmao511 · 发表于 2014-11-28 15:23:27

浪模拟发表于 2014-11-27 14:17
这个应该需要修改生成的文件吧

不用，用ATB就可以。

几个月前的贴子了。呵呵

海洋 · 发表于 2014-11-28 19:32:58

PRODRG2 生成的是gromos力场，和oplsaa力场定义上应该有一定区别，不好直接转换吧？

zhangmao511 · 发表于 2014-11-30 21:29:47

是的，所以用ATB来生成。。

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[Gromacs] Gromacs如何添加新的氨基酸到力场文件中啊？？

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