请教各位大虾分子模拟平衡过程中遇到的一个问题
本帖最后由 double 于 2013-11-20 17:22 编辑我在进行最小化和平衡的时，程序总是错误终止，显示的错误是
ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 150!
ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable.
ERROR: Exiting prematurely; see error messages above.
我看了一下dcd文件，是因为atom 150氮原子上的氢原子发生了位置偏离，看上去明显不对，就是在发生偏离时程序马上就中断了。但是又不知道是因为什么原因导致的位置偏离。这是我的configure文件：
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## JOB DESCRIPTION ##
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# Minimization and Equilibration of ROX
# Ubiquitin in a Water Box
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## ADJUSTABLE PARAMETERS ##
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structure w_solvate.psf
coordinates w_solvate.pdb
# output params
outputname rox_min1
restartname rox_min_1
binaryoutput no
binaryrestart yes
set temperature 300
firsttimestep 0
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# Force field
###################################
# Input
paratypecharmm on
parameters par_all27_prot_lipid.prm
parameters w_acd_parm.inp
temperature $temperature
exclude scaled1-4
1-4scaling 1.0
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# Cut-offs
###################################
switching on
switchdist 10.0
cutoff 12.0
pairlistdist 14.0
####################################
# PME
###################################
PME yes
PMEGridSpacing 1.0
#PMEgridsizeX 90
#PMEgridsizeY 90
#PMEgridsizeZ 90
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## SIMULATION PARAMETERS ##
#############################################################
# Integrator Parameters
timestep 1.0
rigidBonds all
nonbondedFreq 1
fullElectFrequency2
stepspercycle 20
# Constant Temperature Control
langevin on
langevinDamping 1 ;# damping coefficient (gamma) of 1/ps
langevinTemp $temperature
langevinHydrogen off
# Periodic Boundary Conditions
cellBasisVector1 50.195 0.000 0.000
cellBasisVector2 0.000 89.983 0.000
cellBasisVector3 0.0 0 49.934
cellOrigin -0.015514056 5.064777851 0.016378706
margin 3
wrapAll on
# Constant Pressure Control (variable volume)
useGroupPressure yes
useFlexibleCell no
useConstantArea no
langevinPiston on
langevinPistonTarget1.01325
langevinPistonPeriod400.0
langevinPistonDecay 200.0
langevinPistonTemp $temperature
# Restrained atoms for initial heating-up steps
#
#constraints ON
#consexp 2
#consref w_solvate1_pre.pdb
#conskfile w_solvate1_pre.pdb
#conskcol B
# OUTPUT FREQUENCIES
outputtiming 1000
restartfreq 1000
dcdfreq 1000
xstFreq 1000
outputEnergies 1000
outputPressure 1000
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## EXTRA PARAMETERS ##
#############################################################
#############################################################
## EXECUTION SCRIPT ##
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# Minimization
minimize 20000
reinitvels $temperature
run 1000000 ;# 2ns
我把timestep改成1或2都没用，我把constraints加上或者不使用也没用，每次都是minimaze跑完之后跑平衡时到中间某一步就挂了。而且出现的错误都是上面写的错误。
请问各位大虾我这到底是怎么回事啊，谢谢各位了！
下面图中间的蓝色原子为氮原子（左边连碳，右边连苯环），也就是atom150。
2图为起始文件，跑完minimize跑平衡之后N原子上的氢就变成3图中的样子了。
double 发表于 2013-11-25 11:25
谢谢各位大侠的帮助，问题已经解决了，是参数中二面角的问题。我把二面角全部都确认了一边，把没有的补上， ...
你好，我也遇到了这个问题，但是我没看明白你的解决方法，在那修改二面角，pdb文件里吗？ 你把你错误的原子那块截图，让大家看看。怎么个不对。 应该还是输入文件的结构问题，检查下那个N和H的成键是否正常。 墨竹晓风 发表于 2013-11-20 16:43 static/image/common/back.gif
应该还是输入文件的结构问题，检查下那个N和H的成键是否正常。
这个错误输入文件肯定是有问题的，我以前遇到过配体这样的情况。 枫叶苏 发表于 2013-11-20 16:46 static/image/common/back.gif
这个错误输入文件肯定是有问题的，我以前遇到过配体这样的情况。
如果是输入文件结构的问题，能跑完minimize吗？我的minimize每次都是能跑完的，就是跑平衡的时候挂了。 力场错误~~，明显的 配体是什么分子,带电吗 qian430 发表于 2013-11-20 18:45 static/image/common/back.gif
leos哥，你咋看出来滴，怎么就明显了呢
分子都畸形了啊~~ 墨竹晓风 发表于 2013-11-20 18:41 static/image/common/back.gif
配体是什么分子,带电吗
这个分子本身带点，我已经在里面加了几个带相反电荷的离子来使体系带电中性。 leos 发表于 2013-11-20 17:52 static/image/common/back.gif
力场错误~~，明显的
leos大哥，我是分子模拟的菜鸟加新手，麻烦问一下如果是力场错误在哪里能看出错误来并纠正呢？
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