Gromacs 4.6.2在ubuntu 12.04下的安装
Gromacs的安装貌似是越来越简单了~哈哈4.6.2是目前最新的版本，官方的数据称该版本的运算速度能比之前的4.5.5还要快30%-50%，因此，今天尝试了下在ubuntu12.04下的安装
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1.直接安装cmake（单机并行必需）：
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sudo apt-get install cmake
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2.下载gromacs-4.6.2.tar.gz（官网，不知道在哪的童鞋请google...）
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3.解压gromacs-4.6.2
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tar xfz gromacs-4.6.2.tar.gz
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打开文件夹
cd gromacs-4.6.2
新建一个叫build的子文件夹
mkdir build
打开这个子文件夹
cd build
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cmake编译
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cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON
make
sudo make install
自此安装结束，设置环境变量即可
大工-阿里巴巴 发表于 2014-9-23 09:31
文献里有什么力场的都有诶，我一般用charmm27做酶和底物的，限于计算资源，并没有比较过不同力场计算得到 ...
跪求阿里兄指点啊...
阿里兄，我也是大工的学生。现在研一，刚入手md simulation，遇到了一些问题，想向你请教一下。我现在是先用gromacs跑了轨迹，然后用g_mmpbsa计算结合自由能。但是，在计算energy_MM项时算得的结果在零附近，和别的文献对比明显不对；在计算极性溶剂化能时算到中途会停止在“parsing input file pvCFfuaA.in... NOsh: Deprecated use of ION keyword! Use key-value pairs”而且我以前计算过一次的时候就没有出现这个。
阿里兄，如果方便的话请不吝赐教哈！ ydianlove 发表于 2014-9-22 10:04
阿里兄，请问下小分子药物与靶标蛋白对接后用gromacs进行MD模拟，一般用什么力场呀？ ...
文献里有什么力场的都有诶，我一般用charmm27做酶和底物的，限于计算资源，并没有比较过不同力场计算得到的结果的差异性 我在centos下安装运行到cmake ..-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON,以及随后的make，然后它要联网下载fftw，因为没有联网，所以就不成功，为什么呢亲？而且我是已经安装了fftw-3.3.4的 楼主真不错啊。谢谢分享 照着此步骤安装，没有任何问题，一步到位。感谢阿里兄。{:soso_e165:}{:soso_e165:}{:soso_e165:} 阿里兄我在安装时出现这样的错误
1.CMake Error: The current CMakeCache.txt directory /home/clx504/下载/linux download/gromacs-4.6.3/build/CMakeCache.txt is different than the directory /home/caojiangang/下载/gromacs-4.6.3/build where CMackeCache.txt was created. This may result in binaries being created in the wrong place. If you are not sure, reedit the CMakeCache.txt
2. CMake Error: The source "/home/clx504/下载/linux download/gromacs-4.6.3/CMakeLists.txt" does not match the source "/home/caojiangang/下载/gromacs-4.6.3/CMakeLists.txt" used to generate cache.Re-run cmake with a different source directory
是cmake的路径的问题吗？ 南华-ET 发表于 2013-7-27 16:25 static/image/common/back.gif
阿里兄我在安装时出现这样的错误
1.CMake Error: The current CMakeCache.txt directory /home/clx504/下 ...
是不是之前有人安装过cmake在你的这个电脑里？然后就不知道哪个cmake的途径是对的了~你看看能不能把之前安过的cmake给删除掉？ 阿里师兄出帖，必是精华！顶起~~~
经过血与泪的教训，附一个建议：cmake版本不宜太低，不然无法顺利安装 谢阿里师兄隆恩，哈哈 楼主，你好。我在安装gmx4.6.2的时候编译到cmake ..-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON时显示“contained unsupported character "="”.这个怎么破呢？ 更简单的安装方法 直接在终端 sudo apt-get install gromacs就好了现在是4.5.6版嗯新手想问下这样安装好后和官网介绍的安装后会有什么不一样啊 Ares 发表于 2014-6-30 10:27 static/image/common/back.gif
更简单的安装方法 直接在终端 sudo apt-get install gromacs就好了现在是4.5.6版嗯新手想问下这样安装 ...
那应该是串行的，不是并行的啊~得装cmake才能单机并行啊
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