Ares 发表于 2014-7-1 23:00:07

    但是Using 4 MPI threads不是并行计算么？


jianchen7882 发表于 2014-9-22 08:05:30

请教阿里师兄，gmx的gpu版本应该怎么编译啊？

ydianlove 发表于 2014-9-22 10:04:57

阿里兄，请问下小分子药物与靶标蛋白对接后用gromacs进行MD模拟，一般用什么力场呀？

大工-阿里巴巴 发表于 2014-9-23 09:31:36

ydianlove 发表于 2014-9-22 10:04
阿里兄，请问下小分子药物与靶标蛋白对接后用gromacs进行MD模拟，一般用什么力场呀？ ...

文献里有什么力场的都有诶，我一般用charmm27做酶和底物的，限于计算资源，并没有比较过不同力场计算得到的结果的差异性

sxlwl 发表于 2014-9-26 17:27:51

我在centos下安装运行到cmake ..-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON,以及随后的make，然后它要联网下载fftw，因为没有联网，所以就不成功，为什么呢亲？而且我是已经安装了fftw-3.3.4的

ydianlove 发表于 2014-10-11 11:45:58

大工-阿里巴巴 发表于 2014-9-23 09:31
文献里有什么力场的都有诶，我一般用charmm27做酶和底物的，限于计算资源，并没有比较过不同力场计算得到 ...

跪求阿里兄指点啊...
阿里兄，我也是大工的学生。现在研一，刚入手md simulation，遇到了一些问题，想向你请教一下。我现在是先用gromacs跑了轨迹，然后用g_mmpbsa计算结合自由能。但是，在计算energy_MM项时算得的结果在零附近，和别的文献对比明显不对；在计算极性溶剂化能时算到中途会停止在“parsing input file pvCFfuaA.in... NOsh: Deprecated use of ION keyword! Use key-value pairs”而且我以前计算过一次的时候就没有出现这个。
阿里兄，如果方便的话请不吝赐教哈！

yuyang 发表于 2015-5-28 11:48:09

如何设置环境变量?

yuyang 发表于 2015-5-28 11:48:32

如何设置环境变量????谢谢!!!!

hermes0220 发表于 2015-7-16 08:39:45

阿里师兄，cmake怎么编译？
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查看完整版本: Gromacs 4.6.2在ubuntu 12.04下的安装