luarence 发表于 2020-4-25 19:40:15

阿里学长，厉害，最近正好在研究这个蛋白，一直在寻找这个问题的解答，但是还有一个问题，一直找不到解答，回复中很久之前都有人在询问，但没得到理想的回答，希望阿里学长能够解答，就是例如这个蛋白里Mo原子电荷应该要改为多少呢，不只有Mo，还有S原子，就是该蛋白中每个原子应有的电荷应该如何查询呢？

琦锅锅_XI7es 发表于 2020-4-26 21:31:57

请问一下，含有金属的配体化合物，也是直接转换为pdbqt格式加相应电荷量，就可以直接对接么？我试着对接，好像不行，是按照文件里一样的方式处理小分子么

琦锅锅_XI7es 发表于 2020-4-26 21:49:04

luarence 发表于 2020-4-25 19:40
阿里学长，厉害，最近正好在研究这个蛋白，一直在寻找这个问题的解答，但是还有一个问题，一直找不到解答， ...

这个网站有相应电荷量的帖子

AxuanXXXX 发表于 2020-12-28 14:45:47

luarence 发表于 2020-4-25 19:40
阿里学长，厉害，最近正好在研究这个蛋白，一直在寻找这个问题的解答，但是还有一个问题，一直找不到解答， ...

我想请教一下前辈这个问题您是否解决的 我也是遇到这个问题卡了很久。谢谢！

土豆人 发表于 2021-1-15 17:50:45

wongyouki 发表于 2015-3-2 21:25
亲爱的阿里学长，我是一名新手，结合着您的教程和.dat参数文件，做出了结果，我用的酶是您教程中举例用的1 ...

请问这个问题解决了吗？我也遇到这个问题了，不太知道怎么弄呢？

keke 发表于 2021-3-18 19:31:22

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查看完整版本: 【阿里原创教程2-金属酶的对接实现】