论坛 › 【分子对接软件】 › 【阿里原创教程2-金属酶的对接实现】

cuiyoutian 发表于 2013-1-8 21:13:28

{:soso_e120:}在阿里哥的教导下，成功完成对接。但是有两个问题：1这个参数文件哪里搞到的？2 Gasteiger那步需要它给受体赋予电荷吗？我的文献里面它受体用的gasteiger电荷，但是有些资料说什么全原子电荷，要保留电荷。不太懂。请您指教。

code1988 发表于 2013-3-24 11:56:50

很好的 不错 学习下

SYPHU_me 发表于 2013-4-2 17:04:08

好帖！阿里这小伙真是上进:)

wangyantcclab 发表于 2013-4-9 13:10:19

学习一下！楼主辛苦了！多谢！

pinkorris 发表于 2013-4-12 18:45:09

不错，但有两点疑问？
1.你的参数文件中的Mo的VDM半径以及volume是如何得到的？据我所知，mo没有试验测定的vdm半径，而volume也基本是通过试验拟合的
2.对于1FIQ来说，Mo应该不能简单的以价态（+5，+7等）表示，而应该用部分电荷来表示。因为Mo中心太靠近活性位点啦，如果以价态表示，静电相互作用的夸大和误差会影响对接结果的，不知对否？望释疑

kangsgo 发表于 2013-4-17 20:56:21

autodock的教程太少了，这个确实很需要

tanxijuan 发表于 2013-4-30 23:47:28

支持一下，好东西

xufund 发表于 2013-7-7 09:28:27

辛苦了。谢谢分享

猪肉大葱 发表于 2013-7-14 22:17:01

很棒，我会的

xiaomao_zhoubo 发表于 2013-7-15 16:41:35

谢谢分享

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