暗地纯白 发表于 2014-2-24 10:36 static/image/common/back.gif
我用TER分开之后打开还是提示没有对接的配体，求解？
估计是PDB结构本身的问题，可以尝试用商业软件，比如DS，schrodinger, MVD等等载入对接完成后的结构，再输出PDB试试
大工-阿里巴巴 发表于 2014-2-24 13:34 static/image/common/back.gif
估计是PDB结构本身的问题，可以尝试用商业软件，比如DS，schrodinger, MVD等等载入对接完成后的结构，再 ...
我是通过hex protein docking得到的复合物pdb结构，打开它如下图
合成的这个复合物居然没有显示出A链、H链等等。
暗地纯白 发表于 2014-2-24 15:35 static/image/common/back.gif
我是通过hex protein docking得到的复合物pdb结构，打开它如下图
合成的这个复合物居然没有显示出A链、H ...
对的，果断用别的软件另存一下，再载入ligplus
大工-阿里巴巴 发表于 2014-2-24 17:18 static/image/common/back.gif
对的，果断用别的软件另存一下，再载入ligplus
我用DS另存为pdb之后再载入ligplus，还是显示没有配体，我对比DS前，发现在pdb文件的后面多了N1+、H、C、O等一列，可是载入还是显示没有配体，跟pdb数据库里下载的蛋白对比，pdb里面有H、L链等，可是我合成的这个复合物没有H、L链。自己添加上去，DS打开就是乱七八糟的结构。该如何才能让其在ligplus上显示（据说ligplus是用于蛋白跟小分子，而我的蛋白-蛋白似乎不能用，是这样吗？）
暗地纯白 发表于 2014-2-25 10:30 static/image/common/back.gif
我用DS另存为pdb之后再载入ligplus，还是显示没有配体，我对比DS前，发现在pdb文件的后面多了N1+、H、C、 ...
当然不是，ligplus既可以显示蛋白-蛋白，也可以显示蛋白-配体，但是在Ligplus的界面处需要选择，有个叫ligplot,还有个叫dimplot
大工-阿里巴巴 发表于 2014-2-25 10:55 static/image/common/back.gif
当然不是，ligplus既可以显示蛋白-蛋白，也可以显示蛋白-配体，但是在Ligplus的界面处需要选择，有个叫li ...
是的，有一个是dimplot，但是它上面说的选择区域是（比如：1-300 A & 1-100H）但是我通过DS另存为pdb之后，它里面没有显示A链和H链，这样上面选择区域的这一步，该如何选择？
暗地纯白 发表于 2014-2-25 11:03 static/image/common/back.gif
是的，有一个是dimplot，但是它上面说的选择区域是（比如：1-300 A & 1-100H）但是我通过DS另存为pdb之后 ...
把前面的残基重命名为A链，后面的残基重命名为H链。
墨竹晓风 发表于 2014-2-26 08:09 static/image/common/back.gif
把前面的残基重命名为A链，后面的残基重命名为H链。
谢谢，问题已经解决，太感谢了:P
暗地纯白 发表于 2014-2-26 10:30 static/image/common/back.gif
谢谢，问题已经解决，太感谢了
是用什么方案解决的呢？
墨竹晓风 发表于 2014-2-27 09:26 static/image/common/back.gif
是用什么方案解决的呢？
如你所言，添加链:lol