请教一下ligpot压缩包解压缩到C盘后怎么打不开ligplot.exe？ligplot和ligplus是一回事吧？
自己做的分子对接得到pdb文件，用plotplus打开进行run时什么结果都没有，是什么原因，用pymol是能看到明显的氢键作用
已经成功解决，确实是个好软件，就是与直接用pymol打开显示氢键距离有差别，希望大家给建议
tanxijuan 发表于 2013-4-14 21:39 static/image/common/back.gif
已经成功解决，确实是个好软件，就是与直接用pymol打开显示氢键距离有差别，希望大家给建议 ...
嗯，有时候会有这种问题，因为好像是计算H键的规则有点不同
越用越觉得里面有很多问题了，不知道你们对于多环的ligand对接得到的pdb是怎么前处理，ligplus就是无法创建logfile，针对同样配体在PDB数据库下载蛋白后，发现该配体可以顺利显示，所以不知道自己对接的结果出了什么问题？求赐教
tanxijuan 发表于 2013-4-16 08:20 static/image/common/back.gif
越用越觉得里面有很多问题了，不知道你们对于多环的ligand对接得到的pdb是怎么前处理，ligplus就是无法创建 ...
估计是原子style的问题。你用的是什么对接软件？对接之后是怎么处理的？
autodock 4.2, 对接后把它们保存成pdbqt格式，然后借助openbabel转成pdb形式，因为一些简单分子这样是可以用ligplus显示的，环多一点就不行了，所以请教一下，该怎么处理呢？
大工-阿里巴巴 发表于 2012-11-4 18:30 static/image/common/back.gif
把TMP文件夹的设置改在非C盘所在的地方即可！
我用autodock对接之后生成了一个pdb文件，再怎么跟原来受体的pdb文件合成一个pdb文件，一方便用这个软件查看呀？谢谢
qian430 发表于 2013-12-26 17:05 static/image/common/back.gif
墨，我把pdb导入ligplus后，自动就给出一些关键残基，但是和我能量分解得到的关键残基不一样，少了几个。怎 ...
这个我也没有试过呢，等我研究下哈
墨竹晓风 发表于 2012-11-4 23:46 static/image/common/back.gif
检查PDB文件，首先受体和配体用TER隔开，其次配体的名称不能与残基名称相同 ...
我用TER分开之后打开还是提示没有对接的配体，求解？