gromacs拉伸出现错误
大家好我用gromacs做蛋白和配体的拉伸动力学模拟 现在我做到 md 这一步了 出现了错误 但不知道怎样解决 求解决 谢谢哦 我把相应的文件附上去 希望有懂得大侠们帮忙好好看一下支持一下楼主，俺这段时间也再学习这个东西，啥原因也不知道，是不是电荷平衡的事情 jianchen7882 发表于 2014-5-29 17:22 static/image/common/back.gif
支持一下楼主，俺这段时间也再学习这个东西，啥原因也不知道，是不是电荷平衡的事情 ...
还不知道怎么回事呢 我缩短步长了 但是也是出现同样的错误 有说是个别系统的原因但是我用其他的服务器也出现了同样的问题看样子确实是我本身体系的问题 可能是没有平衡好吧 还不知道呵呵 如果解决了告诉我一下啊 谢谢了呀 开心果 发表于 2014-5-30 15:56 static/image/common/back.gif
还不知道怎么回事呢 我缩短步长了 但是也是出现同样的错误 有说是个别系统的原因但是我用其他的服务器也 ...
调整步数，别修改步长，修改步长会错误，但是调整步数可以 可能是体系不大适合用PME法算静电相互作用，可以换个方法算静电力试试 shift之类的；或者用1个节点跑会儿，让体系慢慢平衡，mdrun -nt 1 -v -deffnm；也可缩短步长，1fs试试；都试下还是不行的话就可能是建模的时候有问题了，比如键，键角如果是自己写的话可能写错了~~祝好 gchen001 发表于 2014-6-3 23:52 static/image/common/back.gif
可能是体系不大适合用PME法算静电相互作用，可以换个方法算静电力试试 shift之类的；或者用1个节点跑会儿， ...
谢谢哦:P jianchen7882 发表于 2014-6-2 17:39 static/image/common/back.gif
调整步数，别修改步长，修改步长会错误，但是调整步数可以
好的 谢谢建议:) gchen001 发表于 2014-6-3 23:52 static/image/common/back.gif
可能是体系不大适合用PME法算静电相互作用，可以换个方法算静电力试试 shift之类的；或者用1个节点跑会儿， ...
你好在吗 我在做拉伸分子动力学 ，现在我把配体从受体中拉出来了 但是我想看一下在这个拉伸的过程中拉力的变化（我是用常速）用gromacs 如何输入命令进行分析啊
开心果 发表于 2014-6-26 14:43 static/image/common/back.gif
你好在吗 我在做拉伸分子动力学 ，现在我把配体从受体中拉出来了 但是我想看一下在这个拉伸的过程中拉力 ...
输出的应该有力的文件吧，直接就可以看了 mdrun -pf XXX.xvg就看你的XXX.xvg 文件 输出的应该有力的文件吧，直接就可以看了 mdrun -pf XXX.xvg就看你的XXX.xvg 文件
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