临江仙 发表于 2014-1-3 08:01:58

YASARA混合体系的分子动力学教程

本帖最后由 临江仙 于 2014-1-3 08:29 编辑

    YASARA作为模拟中的战斗机，其强大、简便、炫丽一如我们所看到的那样；而且，对于android系统的program也已经面向广大人民。MD作为其最主要最有特色的模块，值得我们去学习和了解；经狼哥提议，笔者闲暇之际，总结了下一些步骤，以教程的形式与大家分享。为了犒劳下自己，决定抖一下小手，求取金币！

kittycui 发表于 2016-6-22 16:59:18

yasara除了图形界面没有文字界面进行批处理Md么？如果需要做的md多的话，难道要一个一个做前处理？

sangerjay 发表于 2014-12-9 00:06:59

下了，在学习中
:)

Angelina婷 发表于 2014-1-3 08:07:31

:)不懂，参观一下。呵呵

临江仙 发表于 2014-1-3 08:09:35

Angelina婷 发表于 2014-1-3 08:07 static/image/common/back.gif
不懂，参观一下。呵呵

呵呵，你可以参看我之前写的可视化教程，毕竟view是免费的

大工-阿里巴巴 发表于 2014-1-3 08:16:49

速度学习一下！哈哈

墨竹晓风 发表于 2014-1-3 09:41:45

哇，小仙赞的。木有YASARA的人好心动啊！！！

未央尊 发表于 2014-1-3 12:18:42

很不错，就是没有这个模块:L没法弄

雨枫 发表于 2014-1-3 12:57:45

直接运行md_run之后好像程序把你要做的都做了吧，看下面的运行记录
>PlayMacro mcr\md_run.mcr - Executing macro md_run.mcr
Macro>ForceField AMBER03 - OK
Macro>Cutoff 7.86 - OK
Macro>Boundary periodic - OK
Macro>Longrange Coulomb - OK
Macro>SimSteps 1 - OK
Macro>RequireVersion 9.9.25 - OK
Macro>CorrectDrift On - OK
Macro>WarnIsError On - OK
Macro>Clear - OK

临江仙 发表于 2014-1-3 18:49:57

大工-阿里巴巴 发表于 2014-1-3 08:16 static/image/common/back.gif
速度学习一下！哈哈

::lol:lol:lol阿里师兄，有木有很清楚的感觉，哈哈

临江仙 发表于 2014-1-3 18:51:03

墨竹晓风 发表于 2014-1-3 09:41 static/image/common/back.gif
哇，小仙赞的。木有YASARA的人好心动啊！！！

哈哈，墨兄要不和YASARA请求一个试用期，嘿嘿

临江仙 发表于 2014-1-3 18:53:46

雨枫 发表于 2014-1-3 12:57 static/image/common/back.gif
直接运行md_run之后好像程序把你要做的都做了吧，看下面的运行记录
>PlayMacro mcr\md_run.mcr - Executing ...

雨枫姐，md_run.macro默认的是水相的参数，如果想一键MD，还需要自己另外修改正确，嘿嘿
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