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[VMD] vmd答疑贴

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发表于 2013-12-18 22:38:30 | 显示全部楼层 |阅读模式

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受阿里pymol答疑贴的激发,现论坛同时开辟vmd答疑贴,chimera答疑贴,与各位同学共同进步,希望管理员及各位版主鼎力相助,在此拜谢!
发表于 2013-12-19 11:30:17 | 显示全部楼层
呵呵 全力支持飞天兄呀!
发表于 2014-3-15 17:18:13 | 显示全部楼层
支持!!!!!!!!!!!!!!!!!!
发表于 2015-5-9 09:22:19 | 显示全部楼层
{:soso_e130:}                     
发表于 2015-5-16 11:31:18 | 显示全部楼层
飞天师兄,我用amber做pca,得出了第一个主成分的mode,文件格式是这样的
Analysis of modes: DISPLACEMENT
  Atom no.     displX     displY     displZ
         1     -0.029     -0.088      0.325
         2     -0.042     -0.123      0.252
         3     -0.102     -0.133      0.119
         4     -0.120     -0.157      0.025
         5     -0.108     -0.126     -0.036
         6     -0.051     -0.039      0.016
         7     -0.048     -0.043      0.026
         8     -0.061     -0.035     -0.015
         9     -0.023     -0.003     -0.052
        10      0.021      0.012      0.001
        .......
对应了每个残基的CA,请问怎样才能做成蛋白骨架上带有运动方向的箭头图呢。我看之前是用IED,但是IED一般在linux上且用python编译的VMD上使用,我现在用的windows。然后最新的1.9.2的VMD出了一个NMW插件,但是这个插件好像没有说可以用amber生成的结果,应该怎么做呢
 楼主| 发表于 2015-5-18 21:31:07 | 显示全部楼层
shellin 发表于 2015-5-16 11:31
飞天师兄,我用amber做pca,得出了第一个主成分的mode,文件格式是这样的
Analysis of modes: DISPLACEMENT ...

我不知道你这个Displacement是啥。我猜大概是从主链alpha碳原子的坐标出发,沿着下面你给出的向量,画一个cone就可以了。
发表于 2015-7-5 17:47:02 | 显示全部楼层
eming 发表于 2015-5-18 21:31
我不知道你这个Displacement是啥。我猜大概是从主链alpha碳原子的坐标出发,沿着下面你给出的向量,画一 ...

现在才看到,谢谢师兄
发表于 2015-8-30 11:49:33 | 显示全部楼层
师兄我又来了~vmd里有measure angle的命令来测量3个atoms 之间的夹角。于是我用下面的脚本来计算。
for { set j $fidBEG } { $j < $fidNED } { incr j } {
        mol addfile ../../5prod/cenprod$j.mdcrd type crdbox first 0 last 100 step 1 waitfor all
}


proc print_angle_through_time {} {
        global sysid
        set outfile [open angle.$sysid w]
        set num_steps [molinfo 0 get numframes]
         for {set frame 0} {$frame < $num_steps} {incr frame} {
                set pro [atomselect 0 "resid 1 to 513 "]
                $pro frame $frame
                set t2 [measure angle {4478 7450 7951} $pro]

                puts $outfile "$frame $t2"
        }
}

print_angle_through_time

一般每次导入5ns  500个snapshot,一起导入这500个snapshot计算出来的结果全是一样的。每次导入2ns 200个snapshot的时候,这200个又是一样的。是脚本的哪里出现错误了吗
发表于 2016-3-16 10:34:29 | 显示全部楼层
师兄  请问想分析对接结果 看看配体和周围氨基酸的作用 用vmd怎么分析呀
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