有什么软件可以模拟蛋白质二级结构互相转变的

pdh1015 · 发表于 2013-12-4 17:58:31

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有没有什么软件可以模拟蛋白质二级结构α螺旋(α-helix)、β折叠(β-sheet)、β转角(Turns)和无规卷曲(Unordered)之间互相变化的？就像下面这张图，
TPO[2Z8G0I1[Y4H2FDB2Q%B.jpg

虽然群里大神们说这是PS的，可我真的想看看蛋白质二级结构之间的变化。

大工-阿里巴巴 · 发表于 2013-12-4 21:07:30

分子动力学软件都可以模拟这种二级结构的变化的，不过需要的时间可能会比较长。免费的分子动力学模拟软件包括NAMD, AMBER, GROMACS等等

川大-灰太狼 · 发表于 2013-12-5 09:07:29

正如飞天兄说的，你这个图真是PS做出来的，而且还做得很粗糙的那种：）很简单，你看图上其他地方都是一摸一样的，只有alpha螺旋变为了beta折叠，如果是动力学做的不可能这样，只能是作者为了示意，ps做的图。

如果真要研究变化，需要做较长时间的动力学模拟！

粉猪是我 · 发表于 2013-12-13 23:13:12

我是用DS的一级序列对比看的~

17110209 · 发表于 2016-8-20 14:04:26

大工-阿里巴巴发表于 2013-12-4 21:07
分子动力学软件都可以模拟这种二级结构的变化的，不过需要的时间可能会比较长。免费的分子动力学模拟软件包 ...

大工好！AMBER免费的？能否发一个给我？18310638773@126.com，谢谢

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