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[药物设计] MD对于药物设计到底有多少意义?

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发表于 2013-11-29 16:31:53 | 显示全部楼层 |阅读模式

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我们课题组中有一个关于病毒蛋白酶抑制剂的设计,目前针对这个酶还没有药物,具有参考意义的东西也很少。而我所用的手段也不过就是分子对接以及一些基于配体的设计,而这个酶活性口袋大而浅,抑制剂一般也比较大,所以对接结果往往具有很多构象且难以取舍。另外一点,是这个酶外周有一段小肽控制open-closed构象,之前的药物设计或者虚拟筛选都没考虑过则一点,我觉得这也是目前许多抑制剂不太成功的原因之一。

我的蛋白是个二聚体,并排的球形,不加水有7000个原子。我并没有做过动力学,所以想问问大家,对于这种情况,动力学所能提供的信息到底可不可靠?参考性强不强?
发表于 2013-11-30 07:59:11 | 显示全部楼层
http://link.springer.com/protocol/10.1007/978-1-62703-342-8_7
本身不做药物设计,可能不能给你什么直接的帮助,这篇minireview希望对你有帮助啊~哈哈
 楼主| 发表于 2013-11-30 10:35:59 | 显示全部楼层
发表于 2013-12-1 11:41:53 | 显示全部楼层
可以试着去证明下是否跟这个有关。:)模拟是为大家提供更多的可能性,但想法源于你自己!
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