MD对于药物设计到底有多少意义？

forpal

我们课题组中有一个关于病毒蛋白酶抑制剂的设计，目前针对这个酶还没有药物，具有参考意义的东西也很少。而我所用的手段也不过就是分子对接以及一些基于配体的设计，而这个酶活性口袋大而浅，抑制剂一般也比较大，所以对接结果往往具有很多构象且难以取舍。另外一点，是这个酶外周有一段小肽控制open-closed构象，之前的药物设计或者虚拟筛选都没考虑过则一点，我觉得这也是目前许多抑制剂不太成功的原因之一。

我的蛋白是个二聚体，并排的球形，不加水有7000个原子。我并没有做过动力学，所以想问问大家，对于这种情况，动力学所能提供的信息到底可不可靠？参考性强不强？

大工-阿里巴巴

http://link.springer.com/protocol/10.1007/978-1-62703-342-8_7
本身不做药物设计，可能不能给你什么直接的帮助，这篇minireview希望对你有帮助啊~哈哈

forpal

大工-阿里巴巴 发表于 2013-11-30 07:59

                               
登录/注册后可看大图

http://link.springer.com/protocol/10.1007/978-1-62703-342-8_7
本身不做药物设计，可能不能给你什么直接 ...

谢谢阿里大大

川大-灰太狼

可以试着去证明下是否跟这个有关。：）模拟是为大家提供更多的可能性，但想法源于你自己！