autodock最终结果

kaliduomu

小弟对autodock的结果聚类之后，应该选择哪一个簇作为最终结果，有人说是选结合能最小的那个簇;有的人说是选构想最多的那个簇;也有人说选和活性位点结合最近的那个簇;这个问题困扰了小弟很久，各位大神的看法如何？小弟在这里先谢谢了。

川大-灰太狼

kaliduomu 发表于 2013-11-29 10:55

                               
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但是如果每次都这样凭感觉去选择的话，就很难理性地分析出一堆小分子里哪个小分子的活性最为突出饿，特别是 ...

大家首先要充分理解分子对接计算的意义：为你提供小分子与蛋白质可能的结合模式！

基于这点，你最好要根据已有的一些资料和数据，判断出你的小分子的可能的结合模式，有时候结合模式不仅仅是一种。这种情况，就要结合实验和别人以前做过的东西来判断了！当你深刻了解了你的体系，你就能判断出什么样的构象是合理的。

forpal

http://autodock.scripps.edu/faqs ... ate-docking-results

可以看一下推荐的那篇文献 折腾了这么久 其实还是觉得在基于对已有的晶体以及共晶结构的活性口袋位点有非常清楚的认知之后 在low binding energy和 large cluster 中作出折衷的选择（说了等于没说。。其实个人偏向参考最大的簇，只要在结合能不高的离谱。。个人意见仅供参考）

kaliduomu

好的好的，谢谢forpal!!!!

kaliduomu

但是如果每次都这样凭感觉去选择的话，就很难理性地分析出一堆小分子里哪个小分子的活性最为突出饿，特别是在他们的最低结合能的簇不是最大的簇的时候。