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[AutoDock&Vina] autodock处理过程中配体加氢问题

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发表于 2012-10-28 22:24:10 | 显示全部楼层 |阅读模式

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在autodock计算过程中,经常用讨论的问题是配体和大分子的键合作用。这键合作用主要讨论的就是氢键效应,而autodock处理后的结果文件中,配体往往是不加碳上氢的,这样必然导致在分析键合作用是存在很大的误差,该如何来解决给配体全部加氢问题呢?
再者大分子在处理过程中也容易出现加氢不合理的问题,这个问题又该如何处理是好呢?
敬请同仁们献计献策!
发表于 2012-10-30 08:03:18 | 显示全部楼层
这个是可下载的“http://kinemage.biochem.duke.edu/software/reduce.php”,这个是在线的服务器“http://molprobity.biochem.duke.edu/
 楼主| 发表于 2012-10-28 22:28:50 | 显示全部楼层
初步解决的想法是,通过autodock找到活性键合空间后,将其对应部分全部找出来,再做细致化处理来重新加氢。当然这个办法也是挺麻烦的。
 楼主| 发表于 2012-10-29 09:34:00 | 显示全部楼层
理论加氢往往是错误的,能手动加氢就好了。该如何实现呢?
发表于 2012-10-29 22:08:31 | 显示全部楼层
不知道楼主说的哪方面的问题,如果是针对蛋白大分子的加氢,要特别注意“组氨酸”,adt自动加氢往往是不合理的。有两个方法:通过adt的edit菜单来解决,这个就不详述了。给大家介绍一个第三方软件,很好用,reduce,你可以下载,也可以直接把你的pdb上传,它会帮你加氢,分析蛋白结构的合理性,个人感觉很不错!
 楼主| 发表于 2012-10-29 22:51:11 | 显示全部楼层

这个软件从哪里下载,给个网址
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