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[Dock] DOCK对接的时候怎么对接的分子在小球外面?和文献构象差...

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发表于 2013-11-22 20:17:56 | 显示全部楼层 |阅读模式

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刚学DOCK没多久,在最后一步dock.in的时候,得到的构象是在box里面,但是却没有一个构象和文献构象接近。甚至全部在文献构象的周围,求解释?是不是哪一步的参数错误了?
发表于 2013-12-6 19:08:15 | 显示全部楼层

如果是重对接,配体对接后构象与原来的晶体构象的RMSD相差在2埃或者2.5埃以内都是可以的。

你没有获得类似的构象,一方面可能是你的计算精度还不够,搜索的构象还不够多。
其次,你蛋白活性位点的氨基酸残基在准备的时候是否有正确质子化形式。
最后考虑的是,你选择的这个对接软件是否适合你的体系,不是一个软件都适合所有的体系!
发表于 2013-11-23 21:24:08 | 显示全部楼层
对接构象在盒子里就是正确的对接,但是否你能得到与文献一致结果取决于你的计算量,参数的设置。
另外,文献得到的构象也未必就是正确的,请好好理解这句话!
发表于 2013-11-23 23:33:37 | 显示全部楼层
求分享dock软件,提交申请了,但是木有搭理我
 楼主| 发表于 2013-12-5 16:53:21 | 显示全部楼层
临江仙 发表于 2013-11-23 23:33
求分享dock软件,提交申请了,但是木有搭理我

好的。刚看到。qq你
 楼主| 发表于 2013-12-6 17:30:23 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2013-11-23 21:24
对接构象在盒子里就是正确的对接,但是否你能得到与文献一致结果取决于你的计算量,参数的设置。
另外,文 ...

我能理解。但是很奇怪的就是,打个比方,box盒子相当于笔筒,文献配体构象相当于笔筒里面的一支笔。无论我对接多少次,得到的构象都在笔的周围,把笔包围了,也没有一个和笔有重叠。甚至没有构象能和文献构象有一点点重合。
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