DOCK对接的时候怎么对接的分子在小球外面？和文献构象差...

不经意间的呐喊

刚学DOCK没多久，在最后一步dock.in的时候，得到的构象是在box里面，但是却没有一个构象和文献构象接近。甚至全部在文献构象的周围，求解释？是不是哪一步的参数错误了？

川大-灰太狼

不经意间的呐喊 发表于 2013-12-6 17:30

                               
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我能理解。但是很奇怪的就是，打个比方，box盒子相当于笔筒，文献配体构象相当于笔筒里面的一支笔。无论 ...

如果是重对接，配体对接后构象与原来的晶体构象的RMSD相差在2埃或者2.5埃以内都是可以的。

你没有获得类似的构象，一方面可能是你的计算精度还不够，搜索的构象还不够多。
其次，你蛋白活性位点的氨基酸残基在准备的时候是否有正确质子化形式。
最后考虑的是，你选择的这个对接软件是否适合你的体系，不是一个软件都适合所有的体系！

川大-灰太狼

对接构象在盒子里就是正确的对接，但是否你能得到与文献一致结果取决于你的计算量，参数的设置。
另外，文献得到的构象也未必就是正确的，请好好理解这句话！

临江仙

求分享dock软件，提交申请了，但是木有搭理我

不经意间的呐喊

临江仙 发表于 2013-11-23 23:33

                               
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求分享dock软件，提交申请了，但是木有搭理我

好的。刚看到。qq你

不经意间的呐喊

川大-灰太狼 发表于 2013-11-23 21:24

                               
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对接构象在盒子里就是正确的对接，但是否你能得到与文献一致结果取决于你的计算量，参数的设置。
另外，文 ...

我能理解。但是很奇怪的就是，打个比方，box盒子相当于笔筒，文献配体构象相当于笔筒里面的一支笔。无论我对接多少次，得到的构象都在笔的周围，把笔包围了，也没有一个和笔有重叠。甚至没有构象能和文献构象有一点点重合。