配体含金属，run autodock 时报错

pdh1015

求助：对接的小分子里含配体，在网上搜索了好久，终于在本论坛里找到了“大工-阿里巴巴原创教程2-金属酶的对接”教程，解决了AUTODOCK添加默认原子类型的问题，rungrid修改参数文件.dat后也不再报错，金属原子得以识别，在此感谢大工-阿里巴巴及各位回帖的大侠们
         可悲剧的是，在最后运行Run AutoDock时报错
以下是我的gpf和dpf文件，请帮忙指正

PAD.gpf文件：
npts 60 60 60                        # num.grid points in xyz
parameter_file AD4_parameters.dat    # force field default parameter file
gridfld PAD.rigid.maps.fld           # grid_data_file
spacing 0.375                        # spacing(A)
receptor_types A C HD N OA SA        # receptor atom types
ligand_types C Hg Cl                 # ligand atom types
receptor PAD.rigid.pdbqt             # macromolecule
gridcenter 16.004 29.282 17.784      # xyz-coordinates or auto
smooth 0.5                           # store minimum energy w/in rad(A)
map PAD.rigid.C.map                  # atom-specific affinity map
map PAD.rigid.Hg.map                 # atom-specific affinity map
map PAD.rigid.Cl.map                 # atom-specific affinity map
elecmap PAD.rigid.e.map              # electrostatic potential map
dsolvmap PAD.rigid.d.map              # desolvation potential map
dielectric -0.1465                   # <0, AD4 distance-dep.diel;>0, constant

C2H5HgCl.dpf文件：

parameter_file AD4_parameters.dat       # used by autodock to validate parameter set
outlev 1                             # diagnostic output level
intelec                              # calculate internal electrostatics
seed pid time                        # seeds for random generator
ligand_types C Hg Cl SA              # atoms types in ligand
fld PAD.rigid.maps.fld               # grid_data_file
map PAD.rigid.C.map                  # atom-specific affinity map
map PAD.rigid.Hg.map                 # atom-specific affinity map
map PAD.rigid.Cl.map                 # atom-specific affinity map
map PAD.rigid.SA.map                 # atom-specific affinity map
elecmap PAD.rigid.e.map              # electrostatics map
desolvmap PAD.rigid.d.map            # desolvation map
move C2H5HgCl.pdbqt                  # small molecule
flexres PAD.flex.pdbqt                  # file containing flexible residues
about -3.8673 1.345 0.4027           # small molecule center
tran0 random                         # initial coordinates/A or random
quaternion0 random                   # initial orientation
dihe0 random                         # initial dihedrals (relative) or random
torsdof 0                            # torsional degrees of freedom
rmstol 2.0                           # cluster_tolerance/A
extnrg 1000.0                        # external grid energy
e0max 0.0 10000                      # max initial energy; max number of retries
ga_pop_size 150                      # number of individuals in population
ga_num_evals 2500000                 # maximum number of energy evaluations
ga_num_generations 27000             # maximum number of generations
ga_elitism 1                         # number of top individuals to survive to next generation
ga_mutation_rate 0.02                # rate of gene mutation
ga_crossover_rate 0.8                # rate of crossover
ga_window_size 10                    #
ga_cauchy_alpha 0.0                  # Alpha parameter of Cauchy distribution
ga_cauchy_beta 1.0                   # Beta parameter Cauchy distribution
set_ga                               # set the above parameters for GA or LGA
sw_max_its 300                       # iterations of Solis & Wets local search
sw_max_succ 4                        # consecutive successes before changing rho
sw_max_fail 4                        # consecutive failures before changing rho
sw_rho 1.0                           # size of local search space to sample
sw_lb_rho 0.01                       # lower bound on rho
ls_search_freq 0.06                  # probability of performing local search on individual
set_psw1                             # set the above pseudo-Solis & Wets parameters
unbound_model bound                  # state of unbound ligand
ga_run 10                            # do this many hybrid GA-LS runs
analysis                             # perform a ranked cluster analysis

我的小分子是氯化乙基汞，没有S，不知道为啥dpf文件里有这一行：ligand_types C Hg Cl SA              # atoms types in ligand

所以在跑AutoDock时报错

我把ligand_types C Hg Cl SA 里SA删掉，又删掉map PAD.rigid.SA.map                 # atom-specific affinity map这一行，可还是报错



求助，求助！！

川大-灰太狼

你的这个小分子（氯化乙基汞）不太适合用AD来做分子对接。阿里教程里面的是针对 蛋白含有金属原子！

大工-阿里巴巴

可以尝试用arguslab这个软件来做含有非常见金属的对接

pdh1015

嗯，谢谢，虽然该问题我已经解决了，不过貌似对接效果确实不怎么好，我再用arguslab做一下