药物设计的同志们学习一下R软件吧！

大工大-Chemoinf · 发表于 2012-10-28 20:52:41

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R开源，且功能强大，易学，有上千个packages可以直接使用。
如果您做定量构效关系（当然不限于这个），不妨试试R，它可以做线性回归，非线性回归，以及各种分类操作，机器学习，作图等等。

下载地址：
cran.r-project.org/

其实，我们完全可以使用R来代替excel，spss等软件来完成日常的统计工作，作为非统计专业的学生，极力推荐大伙玩一玩R软件！

中大-活性小肽 · 发表于 2012-10-28 23:07:43

这个还真的学习过一阵子……有时间再重新学习下吧

北京-构效 · 发表于 2012-10-29 08:46:41

第一次听说这个，有空的时候能够贴份介绍上来？

吉大-肽 · 发表于 2012-10-29 10:01:20

很好的软件，只不过还没有学呀

SYPHU_me · 发表于 2012-10-29 21:38:44

用处一定挺大的，好学不？

大工大-Chemoinf · 发表于 2012-10-30 10:06:47

SYPHU_me 发表于 2012-10-29 21:38

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用处一定挺大的，好学不？

好学，我一会上传一些教程！

skarl · 发表于 2013-11-27 04:11:21

不知教程在哪？

大工大-Chemoinf · 发表于 2014-5-29 11:26:11

如果需要建立QSAR模型的话：1）计算分子描述符【数值型或者fingerprint】2）把描述符和活性联系起来。这里就需要使用R了，当然其他软件也可以。
R可以建立的模型很多：svm RF LR NN etc.太多了。
建立模型时候，还涉及：变量选择，模型检查，应用域的定义等等问题。
如果你的模型很好，可以用来做虚拟筛选，在结合receptor-based的筛选，可能对工作有些益处！

关于R的学习，你就看各个packages的manual就可以了，有的还有vignette。google:cran R。就出现了！

大工大-Chemoinf · 发表于 2014-5-29 11:28:11

教程：google搜索就好了。

比如：
http://manuals.bioinformatics.ucr.edu/home/chemminer

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