分子对接的几个小问题？

暗地纯白

1、我的配体是柔性配体，是不是在选择柔性键的时候都必须把键都选择为柔性键吗？
2、grid box设置盒子大小的时候有什么原则吗？
3、运行autoGrid前是否需要修改路径，怎么修改？
4、在更换选择配体受体的时候是否要隐藏前面一个目标，或者是删掉？

川大-灰太狼

1、autodock对于配体的柔性一般会自动识别可旋转键，除非你有特别的指定，一般使用系统默认的可旋转键就行。
2、grid box盒子大小一般包含活性位点，且让小分子可以在里面自由旋转就行。
3、我一般都是在linux系统下面使用命令执行autodgrid和autodock，自己在命令里面写好路径。不推荐使用按钮模式，有时候会出问题。
4、你准备受体和配体的时候隐藏另外一个就行。

暗地纯白

川大-灰太狼 发表于 2013-11-13 19:54

                               
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1、autodock对于配体的柔性一般会自动识别可旋转键，除非你有特别的指定，一般使用系统默认的可旋转键就行 ...

1、柔性键的选择中您使用默认的可旋转键是在弹出Torsion Count对话框直接点击Done吗？
2、Gridbox中要是配体很大怎么办？

川大-灰太狼

暗地纯白 发表于 2013-11-19 10:36

                               
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1、柔性键的选择中您使用默认的可旋转键是在弹出Torsion Count对话框直接点击Done吗？
2、Gridbox中要是 ...

1、是的，默认的一般都是正确的。你用眼看一下就清楚了！
2、box的大小可以改变，可以较大的。

暗地纯白

川大-灰太狼 发表于 2013-11-19 11:23

                               
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1、是的，默认的一般都是正确的。你用眼看一下就清楚了！
2、box的大小可以改变，可以较大的。 ...

谢谢您，我试试