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[Centos] linux系统RDKit的安装方法

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发表于 2013-10-25 17:04:29 | 显示全部楼层 |阅读模式

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本帖最后由 黄露义 于 2013-10-25 21:08 编辑

    RDKit在Ubuntu上的安装尽管在http://www.cnblogs.com/yanzhi123/archive/2012/05/12/2495124.html?ADUIN=786841651&ADSESSION=1382663642&ADTAG=CLIENT.QQ.5251_.0&ADPUBNO=26244上已有介绍,但根据我这两天安装RDKit的摸索,遇到一堆麻烦,好在慢慢都被一一解决,我觉得有必要把我的经验分享一下,方便后面的同学学习。

我的安装环境:CentOS6.4  64bit, python2.6

   RDKit是一个免费的python module,支持python2.6以上版本(这个我没验证过),属于常用的化学信息学软件包。最近JCIM上发表的Pydpi计算描述符程序(http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ci400127q)就是基于pybel, openbabel和RDKit开发的。

  RDKit安装过程:
  1.首先安装RDKit的依赖程序包:cmake, flex, bison, sqlite, python, numpy, boost-python, boost-thread, boost-regex.
     以上都可以通过yum命令来安装(如果不是Redhat和CentOS, 使用其它相应的安装命令像apt-get,或者从源码编译安装),例如yum install cmake flex bison sqlite,python的安装(升级)用yum install(update) python-devel 。
    numpy的安装要特别说下:下载源码压缩包numpy1.71.tar.gz,解压,然后python setup.py install,我安装numpy的时候出现can't from version import git_version error, 安装version包后发现version里没有git_version函数或者类,百思不得解,询问高人之后,删掉__init__.py中from version import git_version这一行,成功安装,使用正常。
    boost的安装:我下载了boost1.54源码包手动安装,解压源码, 进入解压文件目录,运行 ./bootstrap.sh –with-libraries=python,regex ,然后运行./b2 install 。
     当然如果以上程序已有就不用安装了,yum  install ** 会提示你已安装的。
     
  2. 安装RDKit,花了两天时间琢磨,要命!{:soso_e118:}
     先设置环境变量:开头链接的那个网页中介绍的设置方法,其中环境变量(LD_LIBRARY_PATH)的设定不完整,完整的设定应该是:
     export RDBASE=/home/huangluyi/programs/rdkit-master      
     export PYTHONPATH=$RDBASE
     export LD_LIBRARY_PATH=$RDBASE/lib:/usr/local/lib
    将以上三行写入~/.bashrc, 然后source ~/.bashrc
    RDBASE就是RDKit所在的目录,可根据自己需要放置安装文件。LD_LIBRARY_PATH包括/usr/local/lib, /usr/local/lib是libboost_python.so.1.54.0(版本可能不同,1.54是目前最新的版本,最低不能低于1.3)库所在的目录(可能不一样,例如/usr/lib),若不包括,使用RDKit时会提示错误:没有libboost_python.so文件或目录
     然后就是一连串的简单命令(电脑好,当然并行编译更快):
     cd $RDBASE
     mkdir build
     cd build/
     cmake ..
     make -j16
     make install
     现在说说纠结了两天才解决的错误:
     运行make命令时出现的错误:……Code/RDBoost/Wrap.cpp:24: error: ‘PyInt_FromLong’ was not declared in this scope……,缘于电脑上安装了两个版本的python,2.6和3.3,后来删了python3.3,总算解决,OK,测试,完美运行!{:soso_e128:}顿时心情释放了……

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发表于 2013-10-27 19:47:42 | 显示全部楼层
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