linux系统RDKit的安装方法

黄露义

    RDKit在Ubuntu上的安装尽管在http://www.cnblogs.com/yanzhi123/archive/2012/05/12/2495124.html?ADUIN=786841651&ADSESSION=1382663642&ADTAG=CLIENT.QQ.5251_.0&ADPUBNO=26244上已有介绍，但根据我这两天安装RDKit的摸索，遇到一堆麻烦，好在慢慢都被一一解决，我觉得有必要把我的经验分享一下，方便后面的同学学习。

我的安装环境：CentOS6.4  64bit, python2.6

   RDKit是一个免费的python module，支持python2.6以上版本（这个我没验证过），属于常用的化学信息学软件包。最近JCIM上发表的Pydpi计算描述符程序（http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ci400127q）就是基于pybel, openbabel和RDKit开发的。

  RDKit安装过程:
  1.首先安装RDKit的依赖程序包：cmake, flex, bison, sqlite, python, numpy, boost-python, boost-thread, boost-regex.
     以上都可以通过yum命令来安装（如果不是Redhat和CentOS, 使用其它相应的安装命令像apt-get，或者从源码编译安装），例如yum install cmake flex bison sqlite，python的安装（升级）用yum install（update） python-devel 。
    numpy的安装要特别说下:下载源码压缩包numpy1.71.tar.gz，解压，然后python setup.py install，我安装numpy的时候出现can't from version import git_version error, 安装version包后发现version里没有git_version函数或者类，百思不得解，询问高人之后，删掉__init__.py中from version import git_version这一行，成功安装，使用正常。
    boost的安装：我下载了boost1.54源码包手动安装，解压源码, 进入解压文件目录，运行 ./bootstrap.sh –with-libraries=python,regex ，然后运行./b2 install 。
     当然如果以上程序已有就不用安装了，yum  install ** 会提示你已安装的。
     
  2. 安装RDKit，花了两天时间琢磨，要命！{:soso_e118:}
     先设置环境变量：开头链接的那个网页中介绍的设置方法，其中环境变量（LD_LIBRARY_PATH）的设定不完整，完整的设定应该是：
     export RDBASE=/home/huangluyi/programs/rdkit-master      
     export PYTHONPATH=$RDBASE
     export LD_LIBRARY_PATH=$RDBASE/lib:/usr/local/lib
    将以上三行写入~/.bashrc, 然后source ~/.bashrc
    RDBASE就是RDKit所在的目录，可根据自己需要放置安装文件。LD_LIBRARY_PATH包括/usr/local/lib， /usr/local/lib是libboost_python.so.1.54.0（版本可能不同，1.54是目前最新的版本，最低不能低于1.3）库所在的目录（可能不一样，例如/usr/lib），若不包括，使用RDKit时会提示错误：没有libboost_python.so文件或目录
     然后就是一连串的简单命令（电脑好，当然并行编译更快）：
     cd $RDBASE
     mkdir build
     cd build/
     cmake ..
     make -j16
     make install
     现在说说纠结了两天才解决的错误：
     运行make命令时出现的错误：……Code/RDBoost/Wrap.cpp:24: error: ‘PyInt_FromLong’ was not declared in this scope……，缘于电脑上安装了两个版本的python，2.6和3.3，后来删了python3.3，总算解决，OK，测试，完美运行！{:soso_e128:}顿时心情释放了……

水晶紫

顶~~~