autodock电荷非整的问题

dmarkfree · 发表于 2013-10-22 10:44:30

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如图，出现这样的问题，各位大神一般是怎样解决的

天理-小新 · 发表于 2013-10-22 23:26:31

1、你检查下你的蛋白文件，是不是缺失原子或者残基，如果缺的话，请补上。
2、是否加氢，是否所有极性氢都加上了。
3、你可以根据情况，手动修改电荷，也可以用其它形式电荷。
4、看看这写残基与原子是不是在活性中心，如果不在，可不必管理它

dmarkfree · 发表于 2013-10-29 14:51:03

天理-小新发表于 2013-10-22 23:26

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1、你检查下你的蛋白文件，是不是缺失原子或者残基，如果缺的话，请补上。
2、是否加氢，是否所有极性氢都 ...

谢谢，我也找到了这个官方论坛的说明，就是你说的这个

韩小寒qqq · 发表于 2015-8-21 15:44:57

我也遇到了这样的问题，请问应该怎样解决，看了“天津小理”的回复还是不知道具体该怎么操作，请求指点，万分感谢！

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[AutoDock&Vina] autodock电荷非整的问题