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[AutoDock&Vina] ubuntu-13.04下安装ADT(搜索了些博客,觉得这些有用 )

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发表于 2013-10-15 16:21:30 | 显示全部楼层 |阅读模式

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安装GMLTools

准备软件

环境安装:
zlib-1.2.5.tar.gz
libpng-1.5.6.tar.gz
freetype-2.4.7.tar.gz
            jpegsrc.v8c.tar.gz
  运行背景:
Imaging-1.1.7.tar.gz
  
  运行软件:
            MGLTools-Linux-x86_1.5.6cr3-Install

第一步,安装环境

在terminal下输入命令

安装zlib
shell:
$ tar -xvzf zlib-1.2.5.tar.gz
$ cd zlib-1.2.5
$ ./configure
$ make
$ sudo make install

安装 png
shell:

$ tar -xvzf libpng-1.5.6.tar.gz
$ cd libpng-1.5.6
$ ./configure
$ make
$ sudo make install
安装freetype(如不行,改装2.4.8)
shell:

$ tar -xvzf  freetype-2.4.7.tar.gz
$ cd freetype-2.4.7/
$ ./configure l
$ make
$ make install
安装install jpeg
shell:

$ tar -xvzf jpegsrc.v8c.tar.gz
$ cd jpeg-8c/
$ ./configure
$ make
$ sudo make install
[color=Red]sudo apt-get install python-pip
sudo apt-get install python-dev          不装后面装不了

接下来安装PIL
$ tar -xvzf Imaging-1.1.7.tar.gz(校正)

修改setup.py文件:
修改如下:
JPEG_ROOT = “/usr/local/bin”
ZLIB_ROOT = “/usr/local/bin”
FREETYPE_ROOT = “/usr/local/bin”
在安装前测试一下
shell:
$ python setup.py build_ext -i
terminal输出:

PIL 1.1.7 SETUP SUMMARY
——————————————————————–
version 1.1.7
platform linux2 2.7.1+ (r271:86832, Apr 11 2011, 18:13:53)
[GCC 4.5.2]
——————————————————————–
*** TKINTER support not available
— JPEG support available ———————–> OK!
— ZLIB (PNG/ZIP) support available ———————–> OK!
— FREETYPE2 support available ———————–> OK!
*** LITTLECMS support not available
——————————————————————–
正式安装:
shell:
$ python setup.py build
$ sudo python setup.py install
第一步就完成了。


第二步,安装MGLTools 。
安装方法:
进入文件目录:
shell:
$ cd  {MGLTools-Linux-x86_1.5.6cr3-Install文件地址}
1,给MGLTools-Linux-x86_1.5.6cr3-Install文件授权:
shell:
$ chmod +x MGLTools-Linux-x86_1.5.6cr3-Install
2,运行 MGLTools-Linux-x86_1.5.6cr3-Install文件
shell:
$ ./MGLTools-Linux-x86_1.5.6cr3-Install
3,按提示安装。。
4,安装后配置MGLTools 。
需要将 /home/asus/MGLTools-1.5.6rc3/bin   添加到路径环境中。
shell:
$ export PATH="/home/asus/MGLTools-1.5.6rc3/bin:"$PATH
或者是:
$ alias pmv='/home/asus/MGLTools-1.5.6rc3/bin/pmv'
$ alias adt='/home/asus/MGLTools-1.5.6rc3/bin/adt'
$ alias vision='/home/asus//MGLTools-1.5.6rc3/bin/vision'
$ alias pythonsh='/home/asus/MGLTools-1.5.6rc3/bin/pythonsh'
第二步完成。。
最后运行 MGLTools  
shell:
$ adt


在win下,用虚拟机也试了下,可行

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发表于 2013-10-15 20:41:03 | 显示全部楼层
谢谢分享!下来试试。哈哈哈
发表于 2013-10-15 20:49:56 | 显示全部楼层
其实安装ADT很简单,下载安装包后,修改下运行权限,双击如同安装win的软件就可以一路安装完全了!如果遇到提示缺少什么库连接,使用新得立软件包直接下载安装就行。
发表于 2013-10-18 11:19:16 | 显示全部楼层

可以直接
sudo apt-get install autodocktools
搞定
不过这样打开不是用adt
而是用autodocktools
发表于 2013-11-20 23:05:57 | 显示全部楼层
dmarkfree 发表于 2013-10-18 11:19
可以直接
sudo apt-get install autodocktools
搞定

请问可不可以通过改变环境变量的方式弄成adt呢
发表于 2013-11-21 20:06:22 | 显示全部楼层
forpal 发表于 2013-11-20 23:05
请问可不可以通过改变环境变量的方式弄成adt呢

那个我就不清楚了,我没有去试
发表于 2015-12-13 17:31:07 | 显示全部楼层
楼主您好!我先通过ubuntu软件中心安装了autodocktools。然后按照您的方法安装了zlib-1.2.5.tar.gz
libpng-1.5.6.tar.gz
freetype-2.4.7.tar.gz
jpegsrc.v8c.tar.gz
Imaging-1.1.7.tar.gz
四个文件后。但是在启动时报错:
Run ADT from  /usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools
No module named _imagingtk
Traceback (most recent call last):
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/__init__.py", line 433, in runADT
    title=title, withShell= not interactive, verbose=False, gui=gui)
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/Pmv/moleculeViewer.py", line 1018, in __init__
    trapExceptions=trapExceptions)
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/ViewerFramework/VF.py", line 377, in __init__
    verbose=verbose)
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/ViewerFramework/VFGUI.py", line 410, in __init__
    self.collapsePhoto = ImageTk.PhotoImage(file=filename)
  File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/PIL/ImageTk.py", line 116, in __init__
    self.paste(image)
  File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/PIL/ImageTk.py", line 181, in paste
    import _imagingtk
ImportError: No module named _imagingtk
请问如何解决?
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