关于AUTODOCK柔性对接的问题

dmarkfree

在设置受体的柔性时，选择一个或者两个氨基酸残基就可以生成柔性部分的PDBQT，但是如果选择二个以上的残基，就会报错。
错误提示为：
IDLE 1.2.2      ==== No Subprocess ====
>>>
WARNING: dependency check failed for command APBSVolumeRender
ERROR *********************************************
Traceback (most recent call last):
  File "D:\mgltool\lib\site-packages\ViewerFramework\VF.py", line 898, in tryto
    result = command( *args, **kw )
  File "D:\mgltool\lib\site-packages\AutoDockTools\autoflexCommands.py", line 2219, in doit
    self.writeResidue(item, outfileptr)
  File "D:\mgltool\lib\site-packages\AutoDockTools\autoflexCommands.py", line 2399, in writeResidue
    self.process(at, at2, outfileptr)
  File "D:\mgltool\lib\site-packages\AutoDockTools\autoflexCommands.py", line 2413, in process
    self.process(fromAtom, nextAtom, outfileptr)
  File "D:\mgltool\lib\site-packages\AutoDockTools\autoflexCommands.py", line 2408, in process
    queue = self.writeBreadthFirst(outfileptr, fromAtom, nextAtom)
  File "D:\mgltool\lib\site-packages\AutoDockTools\autoflexCommands.py", line 2511, in writeBreadthFirst
    newQ = self.writeLevel(at2, outfptr)
  File "D:\mgltool\lib\site-packages\AutoDockTools\autoflexCommands.py", line 2457, in writeLevel
    nq = self.writeLevel(a2, outfptr)
  File "D:\mgltool\lib\site-packages\AutoDockTools\autoflexCommands.py", line 2457, in writeLevel
    nq = self.writeLevel(a2, outfptr)
  File "D:\mgltool\lib\site-packages\AutoDockTools\autoflexCommands.py", line 2433, in writeLevel
    if b.activeTors:
AttributeError: Bond instance has no attribute 'activeTors'
请问应该怎么解决


在设置受体柔性的时候，我是在PDB上下载了一个带有配体的大分子，把和配体有作用的残基都想设为柔性，一共11个残基，我这样选择设置柔性的残基的方法对不对？

请各位大神指教啊

川大-灰太狼

1、你想把11个残基都设置为柔性残基的做法是不对的！原因是，你仅仅设置了残基的柔性，并未考虑骨架的柔性；根据蛋白晶体结构解析的情况来看，并不是所有的残基的柔性都很大。设置柔性残基，通常考虑的残基有Lys，Asp等这样长链的残基。但通常情况来看，不采用柔性残基得到的对接结过更接近晶体复合物的结果，也更可靠！
2、Autodock设置柔性残基的时候，默认的可旋转键不能超过32个。当然，可以通过修改原文件达到255个可旋转键，再通过重新编译得到可执行程序，但不建议这样做，因为结果不可靠！

枫叶苏

这个回答已经够详细了。

夏夜晚风

川大-灰太狼 发表于 2013-10-12 08:47

                               
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1、你想把11个残基都设置为柔性残基的做法是不对的！原因是，你仅仅设置了残基的柔性，并未考虑骨架的柔性 ...

非常支持太狼哥的看法，我也觉得只需把ligand设成柔性的，进行半柔性对接，反而更靠谱

dmarkfree

谢谢各位的意见。谢谢啦

sangdy8

学习受教了