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[Centos] 批量统计配体和受体氢键的信息

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发表于 2013-10-11 09:55:54 | 显示全部楼层 |阅读模式

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背景:
在虚拟筛选完以后,我们需要分析配体和受体的相互作用情况
在这些相互作用中,氢键的相互作用又显得尤为重要
记录配体的每个构象和受体的氢键情况
那个氨基酸残基上的那个原子和配体中那个原子形成氢键,距离是多少
目前没有统计角度,因为我好像在哪里看到过对接过程中H原子是动态的

方法:
recordHbondbatch.sh
要求是linux系统



==============================================

#!/bin/sh

#function: list the  h bond interaction between receptor and ligand
#author: chen zhaoqiang
#contact: 744891290@qq.com
#usage: ./recordHbondbatch.sh -liganddir xxx -receptor xxx.pdb -output hbondlog
#usage: ./recordHbondbatct.sh >>hbondlog
#some environment variable should be set,for example recordHbond.py
#system : linux
if [ $# -lt 6 ];then
echo "#usage: ./recordHbondbatch.sh -liganddir xxx -receptor xxx.pdb -output hbondlog"
ligdir="ligand"
receptor="4hbk17_nadp_loop_prep_refine.pdb"
output="hbondlog"
else
ligdir=$2
receptor=$4
output=$6
fi

##traverse files ligdir
current=$(pwd)
#echo $current

#absolute path is very useful
tempath=$current"/ligand/tempp"
outputpath=$current"/tempp"
scriptpath=$current"/recordHbond.py"
receptorpath=$current"/"$receptor
ligdirpath=$current"/"$ligdir
cd $ligdirpath
if [ -d tempp ];then
  rm -fr tempp
fi
for file in $(ls );
do
#echo $file
if [ -d tempp ];then
  rm -fr tempp
  mkdir tempp
else  
  mkdir tempp
fi
cd $tempath

#pwd
#echo $file
cp ../$file ./
splitpdbs.pl -f $file
rm $file
for conformation in $( ls) ;
do
  cp $receptorpath ./

  
  echo "$conformation $receptor"
  
  recordHbond.py -- $conformation $receptor
  rm $receptor
done

cd ..

done

==========================================================

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川大-灰太狼 + 20 很给力!

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发表于 2013-11-12 11:26:34 | 显示全部楼层
强啊,试试先,
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