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[AutoDock&Vina] vina 的pdbqt结果转成pdb格式

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发表于 2013-10-9 21:55:00 | 显示全部楼层 |阅读模式

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背景:
之前有讲过可以通过pymol统计氢键的信息,
由于pymol对pdbqt的支持不好
ADT中的脚本pdbqt_to_pdb.py
只能实现pdbqts_to_pdb的功能
所以我写了个shell脚本,实现pdbqts_to_pdbs功能,用这个脚本前必须配置一些环境变量。
======================================pdbqts_to_pdbs.sh
#!/bin/sh

#Function : convert the pdbqt format of  ligand database to pdb format
#author: Chen Zhaoqiang
#email: 744891290@qq.com
#date:2013.10.09
#required:vina_split in vina  and pdbqt_to_pdb.py in adt
#usage: pdbqts_to_pdbs.sh --input xxx.pdbqt


if [ $# -lt 2 ];then
    echo "usage: pdbqts_to_pdbs.sh --input xxx.pdbqt\n";
fi

if [ -d temppp ];then
    cd ./temppp
    rm ./* -f
else
    mkdir temppp
    cd ./temppp
fi
cp ../$2 ./
vina_split --input $2
rm ./$2
for file in $( ls );
do
    echo $file
    pdbqt_to_pdb.py -f $file -o $file'.pdb'
    echo  $file
        rm $file


done

#modify the name to short

rename .pdbqt.out_ligand "" ./*
rename .pdbqt "" ./*
let count=1
for file in $( ls );
do
    echo -e "MODEL $count\n" >>$2
    cat $file >>$2
    echo -e "ENDMDL\n" >>$2
    rm $file
    let count+=1
done
let count-=1
echo $count
rename .pdbqt.out.pdbqt _out_$count.pdb ./$2
cp ./* ../
cd ..
rm -f temppp -r
===========================================================
把这个脚本放到path中,实现和pdbqt_to_pdb.py同样的地位

发表于 2013-10-11 16:01:09 | 显示全部楼层
支持一下!不过计算机小白的我表示不太懂,也不知道怎么用。要是楼主能讲解下怎么用就更好了
发表于 2013-10-11 16:03:07 | 显示全部楼层
之前也遇到类似的问题,我都用openbabel实现转换,但是效果不理想. 楼主可否傻瓜式的教教怎么用?,先贿赂一下!
 楼主| 发表于 2013-10-12 15:30:50 | 显示全部楼层

你用linux操作系统吗?用的话我可以教下你step by step。
发表于 2013-10-12 15:52:40 | 显示全部楼层
数据挖掘 发表于 2013-10-12 15:30
你用linux操作系统吗?用的话我可以教下你step by step。

. Linux 一直想学,但没功夫。我都是在win下作对接的!
 楼主| 发表于 2013-10-24 19:26:30 | 显示全部楼层
hinry_jay 发表于 2013-10-12 15:52
. Linux 一直想学,但没功夫。我都是在win下作对接的!

化一个月时间  看 鸟哥的私房菜。
发表于 2013-10-25 09:02:22 | 显示全部楼层
数据挖掘 发表于 2013-10-24 19:26
化一个月时间  看 鸟哥的私房菜。

好!系统倒是装上了,就是不知道该如何着手!
发表于 2014-5-3 12:01:40 | 显示全部楼层
谢谢分享原创脚本
发表于 2016-9-21 15:22:57 | 显示全部楼层
您好,我现在在学习用auto dock 但是一头雾水,不知道可否请大神交流一下
发表于 2017-5-9 18:14:34 | 显示全部楼层
本帖最后由 phenylazide 于 2017-5-19 00:41 编辑

楼主把简单的东西弄复杂了。直接以下一句就好了:
obabel *.pdbqt -O *.pdb --gen3D

我用windows安装了open babel 2.4.1版本,效果很好, 而且速度非常快。
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