pymol插件7-GTKDynamo (QC/MM插件for MD)

大工-阿里巴巴

2013年JCC上最近出了个基于pymol的QC/MM(量子化学-分子力学)杂合势插件-GTKDynamo
详见附件
用途包括：
1.单点能计算：MM, QC, QC/MM
2.几何结构优化：共轭梯度(CG),最陡下降法(steepest descent),使用者可以选择优化的循环数，收敛标准以及是否保存优化的轨迹
3.分子动力学模拟：提供三种方法 velocity verlet, leap-frog, stochastic langevin。
4.Nudged-elastic-band（NEB）微动弹性带反应途径计算。可以用于寻找两个结构件的能量最低途径(比如产物和底物)
5. 势能扫描(Potential energy scans)-支持一维和二维扫描
6. Potential of mean force （PMF）simulations-平均力势扫描。
系统需求：
Ubuntu 11.10, Pymol 1.4-1.5 , Python 2.6-2.7以及一些第三方的Python packages，比如numpy, matplotlib以及pyGTK