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[Pymol] Pymol在线高级教程--电子密度图、APBS静电表面制作等

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发表于 2015-3-16 11:22:24 | 显示全部楼层
这个文件是哪里来的啊  .map.xplor
发表于 2015-3-22 22:23:43 | 显示全部楼层
“2fofc.map.xplor” 这个文件哪里下载呀,谢谢!
发表于 2016-3-26 16:15:05 | 显示全部楼层
那个网址看不了,楼主有没有保存,求发3. Using APBS and PyMOL to display the electrostatics surface
发表于 2018-10-30 16:55:06 | 显示全部楼层
谢谢分享   
大神说的是哪个群啊   想加群
 楼主| 发表于 2018-11-1 22:04:31 | 显示全部楼层
风姿花传 发表于 2018-10-30 16:55
谢谢分享   
大神说的是哪个群啊   想加群

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发表于 2019-2-25 21:11:53 | 显示全部楼层
用pymol显示基因组,已知各个基因的XYZ坐标,如何在pymol中标记出它们啊?感谢楼主!
 楼主| 发表于 2019-2-26 10:17:16 | 显示全部楼层
aptx5426 发表于 2019-2-25 21:11
用pymol显示基因组,已知各个基因的XYZ坐标,如何在pymol中标记出它们啊?感谢楼主!
...

没有明白你的“基因组”的基因 是什么意思,是 碱基吗?一般标记可以用Label 命令。
发表于 2019-2-26 23:37:54 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2019-2-26 10:17
没有明白你的“基因组”的基因 是什么意思,是 碱基吗?一般标记可以用Label 命令。 ...

是这么回事~我从GEO数据库中获取了一个基因组的3D结构,该结构包含5条染色体,为PDB格式,Pymol可以打开。同时,数据库中还提供了各个染色体上接近100多个基因的XYZ轴坐标,这一坐标文件是TXT格式。我现在就是想利用Pymol把这100多个基因显示在染色体的3D结构上,显示的基因标注成其他颜色。然后我用label命令试过,发现标注的文字及位置根本不在染色体上,不管我怎么输入坐标,最后标定的点都在基因组3D结构的几何中心,应该还是我哪里命令错了吧 囧rz 还请指点一二!先谢谢啦!
发表于 2019-3-11 15:07:50 | 显示全部楼层
电子密度图和PDB文件不能用pymol很好的重叠在一起,是什么原因,求解决办法。
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