Pymol命令行交流贴

xufund · 发表于 2012-12-19 06:43:01

学习学习啊

pesticide_ccnu · 发表于 2012-12-25 10:25:08

呵呵，真不错，希望这个帖子能一直继续下去~~

数据挖掘 · 发表于 2013-7-20 23:16:46

海洋发表于 2012-10-23 12:19

登录/注册后可看大图

先从简单的学起，哈哈：
选择残基
sele resi 1-5#选择1-5号残基

res代表residue
i代表id
n代表name

未央尊 · 发表于 2014-3-1 15:13:31

这个好，直接，明了！

tammy · 发表于 2015-2-15 13:29:25

把帖子顶起来{:soso_e179:}

bigben446 · 发表于 2016-3-8 21:05:44

中大-活性小肽发表于 2012-10-26 22:59
实在抱歉，很久都没更新这个贴子了。这次向大家介绍的是findseq命令。
不知道大家在使用Pymol观察一些蛋白 ...

我用pymol1.8，按照教程好像findseq没用了

bigben446 · 发表于 2016-3-8 22:22:17

bigben446 发表于 2016-3-8 21:05
我用pymol1.8，按照教程好像findseq没用了

用select_pepseq命令达到findseq一样的目的了
findseq命令等同于psico命令下的select_pepseq，findseq不可用

安装了Psico
使用Psico下的命令，select_pepseq
http://pymolwiki.org/index.php/Psico

PyMOL>import psico.fullinit
PyMOL>select_pepseq AMT, 4cc8, m2
select_pepseq: Pattern found 3 time(s)

341176 · 发表于 2016-10-11 16:57:47

中大-活性小肽发表于 2012-10-31 09:05
嘿嘿，我又来了。这次介绍的命令是pseudoatom。
从名字上看能够猜出来，这个命令产生的是一个“伪原子”对 ...

版主您好，我把这个伪原子做出来了，可是请问要怎么做成标签呢？试了好多次都不行

j加速度123 · 发表于 2016-10-14 15:40:51

很棒，想请问下使除了已选择的残基和配体外其他的都变成灰色呢？另外标签怎么移动呀？

罗青 · 发表于 2020-9-8 09:59:57

在这里蹲着学习

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