smile 计算机化学格式转换

浙医-中药筛选

各位战友：
    请教问题，用台湾中医药数据库TCM database@Taiwan的在线Iscreen做虚拟筛选与分子对接，出来的Result中的ligand分子名称都是显示为数字。
     为此，发邮件去请教，对方教授回答如下：
     因為我們當初建立資料庫是利用MySQL軟體。這軟體會自動把compound編號而變成數字，所以不是化學名稱而您所問的問題，其實這兩年來我幾乎天天被問。但是在解決之前，您可以先利用軟體，例如chemoffice把smile檔，load進去。您就知道這是什麼compound叫啥名字了
     我现在的问题是：对接后文件格式是mol2，而相应的ligand可以找到SDF，或MOL2格式，并没有找到smile格式的。附件中是《计算机存储化学结构的格式及其相互转化》中提到了smile。
     但是还是不会，所以请指点！


计算机存储化学结构的格式及其相互转化_孔德信.pdf(382.15KB)

川大-灰太狼

其实不是很明白你的具体问题，是你做了对接后，不知道这个结果分子的名称了吗？得到的对接结果的分子格式是mol2吗？如果是这样的话，可以用文本编辑器打开，看mol2文件里面的分子名称。

浙医-中药筛选

谢谢灰太狼兄！
是对接后，不知道小分子的化学名称，它的名称是以数字代替的。
具体可见对接结果 http://iscreen.cmu.edu.tw/results/P1222_Top200.php。
将其中一个结果下载并以文本打开，还是没看到化学名称。

xxffliu

湾湾的意思是，你把分子smile文件读入chemdraw中，然后用chemdraw的“结构生成分子名称”，就能看到chemdraw的自行猜测的IUPAC命名了。当然我觉得这绝壁不是你想要的。其实是湾湾在生成数据库过程中，自行用数字命名覆盖掉了原来的分子名。

浙医-中药筛选

谢谢xxffliu的解答。现在我是找不到smile文件。还有，因为中药很多成分是有自己独特的名称的，chemdraw如果出来的是IUPAC的名字，那样也是不行的。

川大-灰太狼

浙医-中药筛选 发表于 2013-12-10 20:01

                               
登录/注册后可看大图

谢谢xxffliu的解答。现在我是找不到smile文件。还有，因为中药很多成分是有自己独特的名称的，chemdraw如果 ...

我看了你给的这个结果，里面的Ligand Name我觉得应该在你对接的分子文件里面有，不是自动的数字替换，而是有编号的。你把这个数值和simle文件里面的号要对应起来。他们的中药分子数据来自http://tcm.cmu.edu.tw/  你可以去下载这个库来查询。

浙医-中药筛选

川大-灰太狼 发表于 2013-12-11 09:00

                               
登录/注册后可看大图

我看了你给的这个结果，里面的Ligand Name我觉得应该在你对接的分子文件里面有，不是自动的数字替换，而是 ...

谢谢狼兄！先试一试。