同源模建主题帖~~~

星星笑了

感谢阿里兄的分享

qiuqiushine

谢谢分享~如果我的ORF序列里面出现了一些终止密码子会有影响吗？我的cDNA序列没有同源性比较高的模板，我应该怎么建模呢？目前我的目的序列已有结构预测的是细菌里面的蛋白，我的是真菌的，它们没有什么同源性，这该肿么办，还能够以细菌的为模板建模吗

大工-阿里巴巴

qiuqiushine 发表于 2013-1-28 13:40

                               
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谢谢分享~如果我的ORF序列里面出现了一些终止密码子会有影响吗？我的cDNA序列没有同源性比较高的模板，我应 ...

你要做模拟的话，只要把cDNA序列转化成蛋白序列，再在PDB数据里进行相似性搜索，从而寻找模板，真菌的蛋白是可以以细菌的蛋白结构为模板的~不影响

qiuqiushine

大工-阿里巴巴 发表于 2013-1-28 14:11

                               
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你要做模拟的话，只要把cDNA序列转化成蛋白序列，再在PDB数据里进行相似性搜索，从而寻找模板，真菌的蛋 ...

谢谢大工-阿里巴巴，正在尝试中

大工-阿里巴巴

qian430 发表于 2013-1-30 08:40

                               
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这两天试了下SWISS-MODELER在线服务器，align mode的好像不能进行像ds一样的多模版比对，而且最终给出的模 ...

http://swissmodel.expasy.org/wor ... cial_help&=#AlM
qian,您好，SWISS-MODEL的在线服务器包括三种模式：自动模式、比对模式和项目模式，其中后面两种多可以运用多序列比对的，请查阅上述网址！有问题继续交流~

bigdavidzhu

非常感谢！越初级东西对我们这些新手来说都是宝贝！

adamlpf

阿里老师您好：
我有一个问题请教一下您，望给予指导。我是用Modeller9.13建模，运行时出现下面问题：
Traceback<most recent call last>:
File"compare.py", line17, in?
aln.malign3d()
File"C:\Program Files\Modeller9.13\modlib\modeller\alignment\py", line 338, in malign3d
edit_file_ext>
_modeller.ModellerError:fit2xyz_296E>Number of equivalent positions<3:0

这是我在运行compare.py中的报错信息，自己不能解读其问题，麻烦您给指点一下。

kjwbl

楼主向您请教个问题，我用easymodeller进行同源建模，用PROCHECK检测总是报错，产生的拉式图中不显示点的分布，是什么原因啊，我应该怎么做呢？

qooxavi

请问我用SWISS-MODEL建模后去SAVE评价，问题来了
1. Ramachandran Plot和procheck总是出错，为什么呢？错误如下：

A：
Network Error (tcp_error)
A communication error occurred: "Operation timed out"
The Web Server may be down, too busy, or experiencing other problems preventing it from responding to requests. You may wish to try again at a later time.

B：
Ran the job: procheck /Jobs/8265242/BPP6.pdb A 1.5
The following problems occurred:
*** ERROR. Error reading .sdh file at line: 497
*** ERROR. Error reading .sdh file at line: 497
*** ERROR. Error reading .sdh file at line: 497
This means that the job did not finish properly

2. verify 3D结果95.76%，errat结果82.752是不是足够好了，不用去优化了？