autodock 版本间的区别及电荷问题

victory_liu

初学autodock新手，好多不懂
1. 目前，autodock 有3.0，4.0，4.2等版本，不知他们在配体和受体文件的准备上有何不同（加氢和电荷的方式，加极性氢or非极性氢，kollman电荷还是gasteiger）
2. vina 与autodock的区别

请交指教，谢谢先

数据挖掘

3和4
一个pdbq格式，一个是pdbqt格式。t代表autodock原子类型
4.0 4.2dat文件中的参数不一样
====
配体加gas电荷
蛋白加kollman电荷
====
非极性H merge掉，因为采用的是联合原子模型。

数据挖掘

我目前的认识，也不知道对不对。

数据挖掘

对于大分子的处理删除所有的H再加上极性H,分配kollman电荷，
对于小分子，完整的结构，有多少H就是多少H,加高斯电荷，
采用联合原子方法把非极性H merge 掉。
如果你的小分子是多肽，则处理方法同大分子一样。

victory_liu

数据挖掘 发表于 2013-8-14 20:48

                               
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对于大分子的处理删除所有的H再加上极性H,分配kollman电荷，
对于小分子，完整的结构，有多少H就是多少H,加 ...

谢谢解答！
大分子的处理删除所有的H，如何删除呢？

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victory_liu 发表于 2013-8-17 12:38

                               
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谢谢解答！
大分子的处理删除所有的H，如何删除呢？

默认pdb结构中是不带H,ADT中有个edit---> delete---->delete h
===
电荷上次说错了，
在autodock4中，大分子 小分子都是加gasteiger电荷
在autodock3中，大分子要加kollman电荷

victory_liu

数据挖掘 发表于 2013-8-19 17:24

                               
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默认pdb结构中是不带H,ADT中有个edit---> delete---->delete h
===
电荷上次说错了，

多谢！
在《蛋白质结构预测实验指南》中看到autodock4的操作方法：
大分子小分子都要加全氢，然后计算gasteiger电荷，有些文献也是这么做的。

但（同样是autodock4）看到有些文献是对于大分子加极性氢，然后加kollman电荷不知道，两者的操作区别是怎样的呢

我的理解是否是这样，如果加全氢，就用G电荷；而加极性氢就用，kollman电荷？

数据挖掘

victory_liu 发表于 2013-8-20 19:12

                               
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多谢！
在《蛋白质结构预测实验指南》中看到autodock4的操作方法：
大分子小分子都要加全氢，然后计算gas ...

一定要分清楚autodock4 和autodock3的区别

建议看下FAQ
autodock4 使用的都是gasteiger电荷
使用的是全原子模型
小分子质子化准备后是全氢，从ligand中选中小分子就会自动处理（自动加gasteiger电荷；merge 非极性H,set torsion）,直接保存为pdbqt就行了。

victory_liu

数据挖掘 发表于 2013-9-17 22:44

                               
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一定要分清楚autodock4 和autodock3的区别

建议看下FAQ

谢谢解答！
那什么时候用kollman电荷呢，又如何处理小分子和蛋白呢

数据挖掘

victory_liu 发表于 2013-9-22 07:56

                               
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谢谢解答！
那什么时候用kollman电荷呢，又如何处理小分子和蛋白呢

autodock3 大分子用kollman电荷
小分子，大分子全H，质子化，然后ADT会自动处理的，不会可以加我qq 744891290