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modeller同源建模后,怎样进行环区替代?

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发表于 2013-8-10 17:28:05 | 显示全部楼层 |阅读模式

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刚学习同源建模,遇到一些问题请教大家:我做的是G蛋白偶联受体GPR55,我采用了同源性比较高的四个蛋白作为模板用modeller进行同源建模,这四个蛋白的序列号分别为:3EML, 2Y00,30DU, 3VW7。建模之前将这四个蛋白里面的水和配体都删除了,建模后并进行advanced optimization options,得到的10个构像,用了第一个构象拉式图的结果好点,但也不算很好,我又用chiron对其进行优化,得到的结果还是不理想,结果见图1,2。一维和三维的结果相差很多,我猜想是环区的问题,有一篇文献已经做过GPR55的同源建模,文中只选取了3EML作为模板,环区进行了替代,其相关做法见图3,但不知道环区替代怎样进行,请大家帮忙解决!谢谢大家!
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 楼主| 发表于 2013-8-20 08:59:42 | 显示全部楼层
嗨,无人应答,
发表于 2013-8-20 12:45:16 | 显示全部楼层

回帖奖励 +10 金币

换取替代 leos兄在群里也说过,用pymol先 align,然后把pdb文件中的对应环区拷贝过去就行。当然也有yasara这样的软件可以做分段模建。
 楼主| 发表于 2013-8-20 22:18:05 | 显示全部楼层
嗯,非常感谢,
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