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[Pymol] pymol作图时出现了问题(对autodock对接结果进行处理)

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发表于 2013-7-23 10:51:54 | 显示全部楼层 |阅读模式

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用autodock做完对接,将对接结果保存成了pdb格式,参照“pymol作图的一个实例”对其进行处理,但是在点击cartoon显示蛋白质时,出现的情况很奇怪,显示不出。导入对接后的结果和cartoon后的图如下。
我注意到导入的蛋白质上有的地方是灰白色的,和这个有关系吗?是我在对接结果保存时有问题吗??

导入对接结果

导入对接结果

cartoon后的图,成这样了。

cartoon后的图,成这样了。
发表于 2013-7-25 20:36:08 | 显示全部楼层
估计是对接以后蛋白的pdbqt文件与pdb转换.

建议对接之后结果保存为pdbqt格式,然后再转为pdb, 在转pdb之前除去蛋白氢原子。
 楼主| 发表于 2013-7-25 21:42:37 | 显示全部楼层
非常感谢您的回复!{:soso_e183:}存为pdbqt格式后,是用pymol转换,还是直接用ADT转换呢?
发表于 2013-7-26 09:50:11 | 显示全部楼层
用adt转换
发表于 2013-7-26 11:12:32 | 显示全部楼层
发表于 2014-3-30 20:25:15 | 显示全部楼层
大工-阿里巴巴 发表于 2013-7-26 11:12
还可以用viewer lite来转,在我们的群共享里有

什么是viewer lite
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