万能的pymol---基于命令

数据挖掘

我有一个想法，把所有的小工具都集中到pymol中，
大家如果有什么想要加进来的小工具，可以提出来。
我有空就来帮大家实现。
我现在想到的是计算小分子的分子量。

leos

propka可以加进来哎~~http://pymolwiki.org/index.php/Category:Script_Library有很多script，可以看看里面缺什么，加进来哎~~

数据挖掘

leos 发表于 2013-7-20 17:27

                               
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propka可以加进来哎~~http://pymolwiki.org/index.php/Category:Script_Library有很多script，可以看看里面 ...

大家利用的好像不多.
可能对里面的脚本不太熟悉,希望你能给大家普及下,如果你熟悉的话,可以给大家推荐几个常用脚本

leos

我只是需要的时候才会去找哎，要不然就自己code一个了，有现成工具的时候，很少去弄的哎~~

数据挖掘

纯娱乐,
给每个氨基酸着不同的颜色.
使用方法
run coloraa.pml
你的pymol中就有这个命令了coloraa
color代表的是颜色 aa代表的是氨基酸

川大-灰太狼

数据挖掘 发表于 2013-7-21 09:03

                               
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纯娱乐,
给每个氨基酸着不同的颜色.
使用方法

[code=Python width=600px]from glob import glob
from pymol import cmd
def coloraa():
        aa=('tyr','gly','phe','met','leu','arg','pro','lys','gln','glu','asn','ileasp','val','his','ser','ala','thr cys','trp')
        count=1
        for i in aa:
                line='color '+str(count)+','+'resn '+i
                cmd.do(line)               
                count+=1
       
cmd.extend("coloraa", coloraa)[/code]

西湖柳叶

不错啊，学习学习