autodock如何将可旋转的键固定

苏祖清

autodock默认的可以旋转的键是32个，有些化合物的可旋转的键，可能会超过32，解决措施是固定一些不重要的键。这样既可以提高对接的精确度，减少对接的时间。       首先，打开你的小分子pdb文件，加氢加电荷后，保存为pdbqt文件。然后再将pdbqt文件打开，ligand-torsion tree-choose tree，然后就可以鼠标左键点击你的小分子的键（绿色是可旋转键，红色是不可旋转键）。这样就可以固定（或者活动）你的小分子的键了。这是我的摸索出来的，不知道正确不。如有错误，请见谅。

苏祖清

出错了，其实不用保存为pdbqt文件，直接用小分子的pdb文件ligand-torsion tree-choose tree，然后就可以鼠标左键点击你的小分子的键（绿色是可旋转键，红色是不可旋转键）。这样就可以固定（或者活动）你的小分子的键了。

川大-灰太狼

苏祖清 发表于 2013-7-9 17:34

                               
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出错了，其实不用保存为pdbqt文件，直接用小分子的pdb文件ligand-torsion tree-choose tree，然后就可以鼠 ...

呵呵 是的，你直接从Ligand处调入小分子就可以开始了。