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[MODELLER] EasyModeller2.1 3.0 4.0程序和使用手册下载

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 楼主| 发表于 2014-2-25 10:55:43 | 显示全部楼层

1、能量优化未必都会让拉氏图的Favourite Regions变好,一般来说如果序列一致性比较高,覆盖率也比较好的,模板与结果的结构很相近。拉氏图仅仅是个大概的评判,未必每项都要达到标准,关键看你模建的蛋白用于做什么,如果是用来做分子对接,你关心的仅仅是活性位点区域的残基的可靠性问题。

2、Easymodeller的确每次产生一个结果,如果需要产生多个结果,需要修改python脚本,具体操作见modeller说明书。
 楼主| 发表于 2014-2-26 18:53:44 | 显示全部楼层
Charleshen 发表于 2014-2-24 19:30
为什么我发现建模后的结构能量优化到最低,每次的拉氏图的Favourite Regions比率都下降了呢?
而且我用easy ...

Easymodeller的GUI是每次产生一个构象,需要修改脚本或者使用modeller。
发表于 2014-2-26 21:12:29 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2014-2-26 18:53
Easymodeller的GUI是每次产生一个构象,需要修改脚本或者使用modeller。

谢谢哈~需要修改脚本哈,都怪我没看modeller说明书就上手了...
 楼主| 发表于 2014-2-27 12:07:36 | 显示全部楼层
Charleshen 发表于 2014-2-26 21:12
谢谢哈~需要修改脚本哈,都怪我没看modeller说明书就上手了...

呵呵 不客气,先看看说明书。
发表于 2014-3-9 00:11:09 | 显示全部楼层
本帖最后由 kkshaxqd 于 2014-3-9 00:16 编辑
robert2005 发表于 2014-2-15 18:20
I installed Modeller9.12 (Folder C:\program files\Modeller9.12) and python 2.7.5 in windows 7. 使用 ...

目前测试,modeller9.12和python2.7.6-64位,2.3.2.5的也出现同样情况,无法成功,显示Failed。不过,modller9.11默认安装后,就能够使用,推测可能是python版本和win 7系统的问题。所以,还是按照灰太郎老师的,用9.11版吧。——血骑士
发表于 2014-3-11 19:50:06 | 显示全部楼层
9.11也试过了还是failed阿?你试成功后是什么版本的python和win7,还有easymodller的版本?
发表于 2014-11-6 21:55:49 | 显示全部楼层
robert2005 发表于 2014-2-15 18:20
I installed Modeller9.12 (Folder C:\program files\Modeller9.12) and python 2.7.5 in windows 7. 使用 ...

一样的问题,请问有好的解决方法吗,求大神指教
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