EasyModeller2.1 3.0 4.0程序和使用手册下载

川大-灰太狼

Charleshen 发表于 2014-2-24 19:30

                               
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为什么我发现建模后的结构能量优化到最低，每次的拉氏图的Favourite Regions比率都下降了呢？
而且我用easy ...

1、能量优化未必都会让拉氏图的Favourite Regions变好，一般来说如果序列一致性比较高，覆盖率也比较好的，模板与结果的结构很相近。拉氏图仅仅是个大概的评判，未必每项都要达到标准，关键看你模建的蛋白用于做什么，如果是用来做分子对接，你关心的仅仅是活性位点区域的残基的可靠性问题。

2、Easymodeller的确每次产生一个结果，如果需要产生多个结果，需要修改python脚本，具体操作见modeller说明书。

川大-灰太狼

Charleshen 发表于 2014-2-24 19:30

                               
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为什么我发现建模后的结构能量优化到最低，每次的拉氏图的Favourite Regions比率都下降了呢？
而且我用easy ...

Easymodeller的GUI是每次产生一个构象，需要修改脚本或者使用modeller。

Charleshen

川大-灰太狼 发表于 2014-2-26 18:53

                               
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Easymodeller的GUI是每次产生一个构象，需要修改脚本或者使用modeller。

谢谢哈~需要修改脚本哈，都怪我没看modeller说明书就上手了...

川大-灰太狼

Charleshen 发表于 2014-2-26 21:12

                               
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谢谢哈~需要修改脚本哈，都怪我没看modeller说明书就上手了...

呵呵 不客气，先看看说明书。

kkshaxqd

robert2005 发表于 2014-2-15 18:20

                               
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I installed Modeller9.12 (Folder C:\program files\Modeller9.12) and python 2.7.5 in windows 7. 使用 ...

目前测试，modeller9.12和python2.7.6-64位，2.3.2.5的也出现同样情况，无法成功，显示Failed。不过，modller9.11默认安装后，就能够使用，推测可能是python版本和win 7系统的问题。所以，还是按照灰太郎老师的，用9.11版吧。——血骑士

robert2005

9.11也试过了还是failed阿？你试成功后是什么版本的python和win7，还有easymodller的版本？

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谢谢分享

2223153638

谢谢分享

霁风

谢谢分享！

whhw

robert2005 发表于 2014-2-15 18:20
I installed Modeller9.12 (Folder C:\program files\Modeller9.12) and python 2.7.5 in windows 7. 使用 ...

一样的问题，请问有好的解决方法吗，求大神指教