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[Discovery Studio] 使用Discovery Studio Visualizer进行对接结果分析及展示

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发表于 2012-10-25 11:27:53 | 显示全部楼层 |阅读模式

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本帖最后由 中大-活性小肽 于 2012-10-25 17:09 编辑

      大家应该都知道accelrys公司的Discovery Studio软件,也知道它是由两部分组成的——Discovery Studio Visualizer和Pipeline Pilot,还知道这个软件虽然功能很全,但是价格非常昂贵,让人忘而却步。可是,诸位很多可能并不知道,其实作为Discovery Studio软件的图形用户界面的Discovery Studio Visualizer却是完全免费的。虽然没有了Pipelline Pilot,但是若用来做大分子的显示及对接结果的初步分析它还是完全能够胜任的。      目前可以获得的最新的Discovery Studio Visualizer版本为3.5,既有windows版本也有linux版本。下面简单的说一下我们经常会用到的一些功能:
     (注:以下示例使用的均为1AI9.pdb文件)
1.        显示配体与分子受体作用位点处的总体情况
File > Open  选择要打开的文件

①        Scripts > Ligand Interactions > Show Ligand Binding Site Atoms 可显示氢键
      若要再显示pi-pi相互作用,可以再进行如下操作:Structure > Monitor > Pi Interactions
      若要再显示salt bridges,可以如下操作:Scripts > Structure Editing > Find Salt Bridges

Show Ligand Binding Site Atoms

Show Ligand Binding Site Atoms

②        Scripts > Ligand Interactions > Create Surface Around Ligand 显示作用位点表面模型

Create Surface Around Ligand

Create Surface Around Ligand

③        Tools > Receptor-Ligand Interactions > Analyze Complexes,然后在左侧面板点击Show 2D Diagram    可显示受体与配体相互作用的二维示意图
3.png
④        一些统计图
Chart > Ramachandran Plot/ Hydrophobicity Plot/ Contact Plot(如氢键统计等)

Ramachandran Plot

 Ramachandran Plot



2.        创建并导出动画
      这个创建的是真正意义上的动画而非一张张的图片。具体操作如下:
      按下F12快捷键调出Storyboard,可以在Storyboard中调节将创建的动画的各项参数并进行帧的添加与删除;
      对当前的视图进行调整,知道自己满意为止,按下Insert快捷键插入第一帧;
      同上,调整好后,按下Insert插入第二帧;……
      在各帧之间的旋转与缩放,程序会自动为我们补全,完成之后可以在Storyboard中进行预览。
      满意后,点击Storyboard中的Export Movie按钮即可导出为WebM格式的视频文件。这里对WebM视频文件再多说两句,这是由google提出的开放而免费的媒体文件格式,它是为网络浏览而生的,可以用浏览器直接打开,也可以用正常的视频播放器打开。

Storyboard

Storyboard



3.        导出到ppt中并进行互动
      这项功能只能在windows系统中实现,并且需要安装同样由accelrys免费提供的和Discovery Studio Visualizer配套的Discovery Studio ActiveX Control。
      用Discovery Studio Visualizer打开文件后,File > Save As 选择最后一项文件格式(.pptx),即可保存当前的状态为ppt文件。这样之后,只要你在安装有Discovery Studio ActiveX Control的电脑上播放该ppt时,便可以在播放ppt的同时交互地进行旋转缩放,修改其显示模型等操作。这可以让观众全方位的了解我们想让他们知道的一些分子构型上的细节,而不必进行大量的截图,从而节省了我们的工作量。

ppt 展示

ppt 展示


      最后,再给大家简要的介绍一下accelrys的另一个免费软件¬——Accelrys Draw,目前的最新版本为4.1。想必大家已经猜到了,这款软件就是用于画小分子的结构式的,而且用过以后你会发现它丝毫不逊色于chemdraw。而且,在Accelrys Draw中画好的结构式可以直接复制后粘贴到Discovery Studio Visualizer中,从而产生三维的分子结构(当然,后续的能量优化等步骤就需另外进行了)。

Accelrys Draw

Accelrys Draw


相关网址:
DS Visualizer和ActiveX Control http://accelrys.com/products/discovery-studio/visualization-download.php
Accelrys Draw http://accelrys.com/products/informatics/cheminformatics/draw/
下载前需要填一张表格,其他的信息可以随便写,但是邮箱地址一定要填正确,否则将无法收到下载链接!
当然,我已经把这些软件共享在网盘,大家也可以直接用下面的链接进行下载(点击进入下载页面)。
DSVisualizer for windows

说明:这里之所以要和大家介绍DS Visualizer,主要是考虑到有些人并不是经常从事这方面的工作,没必要因为一两次的要进行结果的显示而去花费大量的时间学Pymol的命令,毕竟DS Visualizer的简单的一些操作就已经能够满足基本要求了,显示效果也还不错。
至于Accelrys Draw的话是因为它的功能强大,而且是免费的,对于经常用chemdraw画图的朋友可能是另一个不错的选择。
最后,正因为上面两个软件都是免费的,所以大家可以轻松的获取和使用其最新的软件和功能,而不必像使用其他商业软件一样要等着其他人破解后才能使用,并且不能保证软件的更新和稳定性。

活性小肽

2012.10.24



本帖被以下淘专辑推荐:

发表于 2016-4-9 14:41:44 | 显示全部楼层
你好,用autodock里面的对接结果怎么在DS里面观察相互作用呢
发表于 2015-8-25 09:10:46 | 显示全部楼层
请问DS4.0怎么找不到Show 2D Diagram?
发表于 2016-12-17 16:50:22 | 显示全部楼层
非常好,非常给力的帖子
发表于 2012-10-25 11:39:53 | 显示全部楼层
小肽给力啊~~~哈哈~
发表于 2012-10-25 12:08:58 | 显示全部楼层
呵呵 相当给力!我们要向小肽学习。
发表于 2012-10-25 14:42:03 | 显示全部楼层
顶啊,中大-活性小肽。俺正在学DSV。这也太给力了
发表于 2012-10-26 12:28:22 | 显示全部楼层
小肽出手必是精品啊。
发表于 2012-10-26 13:07:48 | 显示全部楼层
受教了,谢谢
发表于 2012-10-26 13:09:06 | 显示全部楼层
默默的拜读中
发表于 2012-11-2 08:48:29 | 显示全部楼层
好多都不会呀,认真学习。
谢谢各位前辈的指导。
发表于 2012-11-2 10:03:22 | 显示全部楼层
的确功能很强大,我想请教一下,sybyl 可不可以Show 2D Diagram ?这个图把作用力显示的更明确了。谢谢
 楼主| 发表于 2012-11-2 23:57:02 | 显示全部楼层

这个……sybyl还真的没用过,你可以到群里问一下。
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