基于小分子的虚拟筛选

南华-ET · 发表于 2012-10-24 16:18:20

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我最近正在做基于小分子的虚拟筛选来筛选一个蛋白质的拮抗剂，看了好多文献都不知道从哪一步开始做起，谁能教教我，能有详细具体的步骤最好。非常感谢。

天理-小新 · 发表于 2012-10-26 19:12:10

在此，以下载linux系统的zine数据库为列，到官网找到下载的脚本，当然是根据自己的需要下载对于的脚本，有类药性的，有的是已经是药物的，有的是先导化合物库，如下载类药性数据库的脚本，且格式是mol2的，当然你可以选择其他格式的，usual.mol2.csh，下载这个脚本几十秒钟，然后在终端执行脚本，命令就是 . /usual.mol2.csh

天理-小新 · 发表于 2012-10-25 17:23:19

首先你要找到受体蛋白的3D结构，找到活性位点，寻找活性位点的方法，论坛中有，在此不予重叙。
然后，从小分子数据库中寻找小分，进行筛选，推荐免费的ZINE数据库，http://zinc.docking.org/ ，一次可下载十几万个小分子化合物。
最后，建议应用PyRx做虚拟筛选，因为简单免费，方法论坛中也有，在此不在累赘。

SYPHU_me · 发表于 2012-10-26 15:55:29

天理-小新发表于 2012-10-25 17:23

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首先你要找到受体蛋白的3D结构，找到活性位点，寻找活性位点的方法，论坛中有，在此不予重叙。
然后，从小 ...

能介绍一下ZINC 的下载方法，linux的，我看网上说了一些，但没下载成功（下的只是超级小的东西）。

天理-小新 · 发表于 2012-10-26 18:51:16

应该是你不会用ZINE数据库，你只要下载的哥脚本，然后执行脚本后，计算机就会下载小分子数据库。注意要链接互联网。

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