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[AutoDock&Vina] Autodock对接时应如何处理离子型配体

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发表于 2020-10-9 17:32:09 | 显示全部楼层 |阅读模式

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我用Autodock做对接时,小分子配体是一个季铵盐,但是系统处理生成pdbqt文件时没有考虑N原子的电荷,处理之后整个分子的总电荷是0,查阅一些资料又说手动修改Gasteiger电荷不能直接加上相应价态,会有误差,请问这种情况应该如何处理?
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