请问对接前配体准备电荷可以不为零吗？

Thanos

我在配体预处理时发现有些配体对接前是带电荷的，用Schrodinger可以质子化处理变成电中性，但是消除电荷后配体还是原来的配体吗？带电荷进行对接对结果有什么影响？以及在autodock中配体的加电荷步骤应该根据配体种类决定还是全部都加compute  Gasteiger[img]？

luarence

我采用autodock进行小分子和大分子预处理时候好多分子加电荷显示都不是0，也直接进行对接了，没有出现什么问题，加电荷步骤也直接按照操作说明点击compute gasteiger

川大-灰太狼

配体带电是很正常的，比如—NH2在PH=7时通常会质子化为—NH3+, —COOH通常质子化为—COO-。