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[AutoDock&Vina] 请问对接前配体准备电荷可以不为零吗?

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发表于 2020-8-20 16:47:59 | 显示全部楼层 |阅读模式

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我在配体预处理时发现有些配体对接前是带电荷的,用Schrodinger可以质子化处理变成电中性,但是消除电荷后配体还是原来的配体吗?带电荷进行对接对结果有什么影响?以及在autodock中配体的加电荷步骤应该根据配体种类决定还是全部都加compute  Gasteiger[img]?
发表于 2020-8-20 21:07:51 | 显示全部楼层
我采用autodock进行小分子和大分子预处理时候好多分子加电荷显示都不是0,也直接进行对接了,没有出现什么问题,加电荷步骤也直接按照操作说明点击compute gasteiger

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发表于 2020-9-7 09:57:05 | 显示全部楼层
配体带电是很正常的,比如—NH2在PH=7时通常会质子化为—NH3+, —COOH通常质子化为—COO-。
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