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[其他] 根据常数Kd, Ki, pKd或者pKi使用MolAICal计算结合自由能的操作...

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发表于 2020-8-16 21:27:33 | 显示全部楼层 |阅读模式

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本帖最后由 MolAICal 于 2020-9-2 23:38 编辑

根据常数Kd,Ki, pKd或者pKi使用MolAICal计算结合自由能的操作教程

更多教程(含英文教程)请见如下:
MolAICal官方主页:https://molaical.github.io
MolAICal 文章介绍:https://doi.org/10.1093/bib/bbaa161
MolAICal中文博客:https://molaical.github.io/cntutorial.html
MolAICal blogspothttps://qblab.blogspot.com
      

1.简介
有时我们需要根据PDBBind数据库提供的常数Ki,Kd, pKdpKi 计算体系的结合自由能[1-3] (例如:训练Vinardo打分函数时,需要结合自由能)。在计算结合自由能前,我们先引入表格1中所示的国际通用单位制 (SI)。许多实验室及文献中使用的mol/dm3mol/L表示同一数量级 (也可命名为“M”)。例如:

mol/m3 = 10−3 mol/dm3= 10−3 mol/L = 10−3 M = 1 mmol/L = 1 mM.

1. 摩尔浓度单位表
QQ截图20200804160022.png

"millimolar" "micromolar" 分别表示 mM (10−3mol/L) μM (10−6 mol/L)。摩尔浓度相关的详细信息请参考网站: https://en.wikipedia.org/wiki/Molar_concentration

本教程提供了一种在常数Ki, Kd,pKd 或pKi已知的条件下,用MolAICal计算结合自由能的简便方法。

2.工具
2.1. 所需软件下载地址
1) MolAICal: https://molaical.github.io
2.2. 操作示例文件
所有用到的操作教程文件均可在下面的网站下载:
https://github.com/MolAICal/tutorials/tree/master/010-pkdEnergy

3.操作流程
转至“010-pkdEnergy”文件目录下:
#> cd  tutorial\010-pkdEnergy
打开文件“INDEX_refined_data.2018”, 此文件内容来自 PDBBind数据库, 第四栏表示 pKd或者 pKi,第五栏表示KiKd

1) pkd (pkd = -logKd pki = -logKi) 计算结合自由能, 使用默认温度:298.15 K
[Bash shell] 纯文本查看 复制代码
#> molaical.exe -tool pkdpki -i 11.92 -t pkx

2)pkd (pkd = -logKd or pki= -logKi)计算结合自由能,使用指定温度。
[Bash shell] 纯文本查看 复制代码
#> molaical.exe -tool pkdpki -i 11.92 -t pkx -k 300

3) 用含浓度单位的KdKi计算结合自由能,默认单位为M(mol/L)
[Bash shell] 纯文本查看 复制代码
#> molaical.exe -tool pkdpki -i 1.2 -t molar

4) KdKi计算结合自由能,浓度单位设为pm
[Bash shell] 纯文本查看 复制代码
#> molaical.exe -tool pkdpki -i 1.2 -t molar -u pm

更多关于结合自由能计算的描述,请参考MolAICal说明书。


参考文献
1.     Wang R, Fang X, Lu Y et al.The PDBbind database: collection of binding affinities for protein-ligandcomplexes with known three-dimensional structures, Journal of MedicinalChemistry 2004;47:2977-2980.
2.     Kim R, Skolnick J. Assessment of programsfor ligand binding affinity prediction, J Comput Chem 2008;29:1316-1331.
3.     Karney CF, Ferrara JE, Brunner S. Methodfor computing protein binding affinity, J Comput Chem 2005;26:243-251.


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