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[其他] 使用MolAICal计算配体和受体结合能力的vinardo打分函数

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发表于 2020-8-16 21:20:23 | 显示全部楼层 |阅读模式

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本帖最后由 MolAICal 于 2020-9-2 23:39 编辑

使用MolAICal计算配体和受体结合能力的vinardo打分函数



MolAICal官方主页:https://molaical.github.io
MolAICal 文章介绍:https://doi.org/10.1093/bib/bbaa161
MolAICal中文博客:https://molaical.github.io/cntutorial.html
MolAICal blogspothttps://qblab.blogspot.com

1. 简介
打分函数可以用来评估药物分子和受体靶点的结合能力,vinardo是基于Autodock Vina的打分函数重新训练的一种打分方式。关于打分函数vinardo的介绍,可以阅读这两篇文献(https://doi.org/10.1093/bib/bbaa161 https://doi.org/10.1371/journal.pone.0155183)。在本教程中,选择Mpro受体及其配体作为研究示例,先使用MolAICal计算出Mpro蛋白的网格文件,再根据Mpro的网格文件计算评估配体结合能力的打分函数vinardo,这个例子可以推广到其它蛋白质受体。

2. 工具和材料
2.1. 所需软件
MolAICal: https://molaical.github.io
2.2. 教程示例文件
所有需要的教程文件从以下下载
https://github.com/MolAICal/tutorials/tree/master/008-vinardoScore

3. 步骤
在计算配体的vinardo打分之前,需要生成配体的网络文件
#>cd 008-vinardoScore
1) 创建一个名为“boxPar.dat”的文件,第一行是受体方盒子中心的坐标,第二行是受体方盒子的长度。如下所示:
[mw_shl_code=bash,true]-10.733 12.416 68.829
30.0 30.0 30.0
[/mw_shl_code]

2) 执行如下命令生成蛋白质的网络文件
[mw_shl_code=bash,true]#> molaical.exe -tool grid -i boxPar.dat -p mproNolig.pdb -n vinardoScore[/mw_shl_code]
其中“mproNolig.pdb”是不含配体的Mpro蛋白。这个命令将会生成名为“vinardoScore.dat”的文件。

3) 计算单个配体的vinardo分数
[mw_shl_code=bash,true]#> molaical.exe -tool vinardo -i ligands/lig_1.mol2 -g vinardoScore.dat -t vinardoscore[/mw_shl_code]
这个命令将输出配体结合能力的打分值:-6.21 kcal/mol

如果要批量计算多个配体的vinardo打分值,可以执行以下步骤:
#>cd 008-vinardoScore/ligands
1. Linux终端中输入命令“ls > ligandList.dat”,或在Windows DOS控制台中输入命令“dir /b > ligandList.dat”。打开生成的文件“ligandList.dat”并且删除无用的字符。例如,删除包含字符“ligandList.dat”的第一行内容。确保文件“ligandList.dat“只包含配体名称。

2. 执行如下命令:
[mw_shl_code=bash,true]#> molaical.exe -score vinardo -i ligands/ligandList.dat -o output.dat -g vinardoScore.dat[/mw_shl_code]
将会生成名为“output.dat”的文件,其中包含批量配体的打分函数值。

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