对双特异性抗体进行建模

怪人。 · 发表于 2020-7-24 17:21:32

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本人的抗体是用linker将两个抗体连接构建的，modeller可以实现用不同的模板对齐前段和后端的抗体进行建模吗？尝试了一下modeller官网的多模板建模，感觉他的建模都是每一个模板从头去对应自己的序列。应该怎么操作使得与后端同源性高的模板可以与后面的抗体对齐来进行建模？

川大-灰太狼 · 发表于 2020-7-27 09:41:24

或许可以把两个抗体分别建模，然后再连接在一起：）

怪人。 · 发表于 2020-7-27 15:20:57

川大-灰太狼发表于 2020-7-27 09:41
或许可以把两个抗体分别建模，然后再连接在一起：）

哦哦，谢谢，那是用什么软件来操作连接呢，还是手动连接，软件是以前帖子里说的那个BAM 吗？

川大-灰太狼 · 发表于 2020-8-3 11:41:45

怪人。发表于 2020-7-27 15:20
哦哦，谢谢，那是用什么软件来操作连接呢，还是手动连接，软件是以前帖子里说的那个BAM 吗？ ...

连接起来，可以用一些分子动力学软件，或者商业的药物设计软件，连接完成后做一个分子力学优化即可。

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[MODELLER] 对双特异性抗体进行建模