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[AutoDock&Vina] 蛋白预处理后出现断裂情况,请求解答

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发表于 2020-7-14 22:32:01 | 显示全部楼层 |阅读模式

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Autodock中进行蛋白预处理(加氢、加电荷、添加原子类型)后,使用此蛋白pdbqt文件进行分子对接,发现结果的蛋白3D结构出现断裂情况,如图,发现是蛋白经过预处理后就已经出现了断裂情况,大家有遇到过此情况的吗?请问论坛中大佬知道如何解决吗?谢谢各位!
蛋白断裂.png
发表于 2020-7-27 09:45:48 | 显示全部楼层
或许可以把小分子配体提取出来,放到Pymol中去观察。
 楼主| 发表于 2020-7-27 12:08:38 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2020-7-27 09:45
或许可以把小分子配体提取出来,放到Pymol中去观察。

这个我就是在对接完后在pymol中查看得到这个结果,然后我就只进行蛋白预处理,得到pdbqt格式文件,然后转换格式成pdb,再用pymol查看也是这个结果,就觉得是预处理引起的这个结果,我采用的PDB ID:1z83蛋白。
发表于 昨天 11:43 | 显示全部楼层
luarence 发表于 2020-7-27 12:08
这个我就是在对接完后在pymol中查看得到这个结果,然后我就只进行蛋白预处理,得到pdbqt格式文件,然后转 ...

那就把对接的分子结构导出来,然后用pymol打开新蛋白,导入分子观看即可:)
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