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[Ligplot] 带有原配体的蛋白质redocking后,氨基酸残基与原配体的连...

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发表于 2020-4-26 09:11:42 | 显示全部楼层 |阅读模式

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请问大家一下,带有原配体的蛋白质重新对接以后,在ligplot+中本来显示有氢键连接的地方变成了疏水氨基酸,请问这是什么原因?是不是我对接坐标设置的问题还是处理蛋白的原因?求指教
发表于 2020-4-28 10:50:41 | 显示全部楼层
请问解决了吗?我也是这样,而且有些残基根本显示不出来
 楼主| 发表于 2020-4-30 11:57:48 | 显示全部楼层
biyiming23 发表于 2020-4-28 10:50
请问解决了吗?我也是这样,而且有些残基根本显示不出来

算是解决了,可能是盒子设置太小,或是蛋白质处理的问题,我里面含有金属原子,当时处理时删掉了一个以为并不重要的金属,结果对接分数虽然不错,但是分析结合模式并不好。所以,我没有删除重新对接,就和原配体连接的关键残基差不多
发表于 2020-5-2 11:19:51 | 显示全部楼层
琦锅锅_XI7es 发表于 2020-4-30 11:57
算是解决了,可能是盒子设置太小,或是蛋白质处理的问题,我里面含有金属原子,当时处理时删掉了一个以为 ...

好的,谢谢,我试一下。
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