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[AutoDock&Vina] 关于分子对接前,金属蛋白酶的预处理问题,急求解答

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发表于 2020-4-24 17:34:55 | 显示全部楼层 |阅读模式

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请问分子对接前处理金属蛋白酶,必须提前做氨基酸质子化那些么?我是用Autodock Tool处理蛋白,目前只做了加氢,计算电荷等不走,不知道还需要做哪些步骤进行优化更好?
还有一个问题就是关于金属电荷,autodocktool识别不了金属离子,然后我是在pdbqt文件手动加上了电荷,但是,在做对接时根本用不了,说无效文件,请问有谁指导该怎么处理么?
我是用Autodock vina软件做对接的
谢谢各位大佬指导
 楼主| 发表于 2020-4-25 10:44:48 | 显示全部楼层
我昨天自己又尝试在pdbqt文件里为金属离子加电荷量,然后对接成功了。但是连接的结合模式图不是很好,想请教各位,在对接前除了对金属原子加氢计算电荷,还需要什么重要操作,有利于分子对接
发表于 2020-4-27 15:02:19 | 显示全部楼层
我也遇到和你一样的问题,,虽然没有其他的解决办法,我就是想问下给金属酶加电荷是用gaussian计算的吗?我在论坛就看到有人是用这个软件的,是这样吗?还是有其他的方法知道金属还有些其他原子的电荷量吗?帮忙告知下哪里有解决办法,谢谢!顶贴
 楼主| 发表于 2020-4-30 12:01:10 | 显示全部楼层
luarence 发表于 2020-4-27 15:02
我也遇到和你一样的问题,,虽然没有其他的解决办法,我就是想问下给金属酶加电荷是用gaussian计算的吗?我 ...

我没有用Gaussian计算,我是参照相关文献里面金属参数的设置,用的是AUtodocktool处理蛋白质,然后直接在pdbqt文件里加上电荷量就行
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