[SailVina]最终版本发布！Vina分子对接全套整合GUI

beikwx · 发表于 2020-4-11 18:10:22

马上注册，结交更多好友，下载更多分子模拟资源。

您需要登录才可以下载或查看，没有帐号？我想注册

x

本帖最后由 beikwx 于 2020-4-14 22:17 编辑

写写停停大半年，终于把整个软件完成了！之前的版本我将在近期删除。
这是最终版本，不会再进行功能更新！
包含了分子对接需要的几乎所有工具，项目地址即详细介绍教程见：https://github.com/beikwx/SailVina

SailVina 使用教程.docx (4.25 MB, 下载次数: 274)

word教程文档下载：
百度网盘(https://pan.baidu.com/s/19moBZp5TjZiKjDIW0R7edw) 提取码：eow2

不同版本下载地址：
1. exe版本：
百度网盘(https://pan.baidu.com/s/1Tv_FDMWryQI9iu3tEev6hg)
提取码：e4ss
2. python版本：
百度网盘(https://pan.baidu.com/s/16Sj_AtlagxwbF3fNaMST-A)
提取码：ykxb

SailVina只是一个带界面的脚本，批量调用Autodock Vina，openbabel等来便捷的进行分子对接。
可以实现以下功能：
1. 下载受体；自动准备受体。
2. 配体格式转换；根据取代基批量生成配体。
3. 验证对接方案(Protocol)是否可以还原实验结果。
4. 单个/多个配体和单个/多个受体进行对接。
5. 将对接的多个配体提取出来。
6. 提取对接的分数；批量提取分数，并选择性的提取结果。
7. 将配体和受体合并成一个文件。
8. 计算两个/多个小分子之间的RMSD值。

如果有疏漏或者错误欢迎指出。同时欢迎对项目进行再制作，本人也只是个业余喜欢编程的菜鸟，代码可能不太好看，欢迎交流讨论。

beikwx · 发表于 2020-10-4 20:41:42

guan 发表于 2020-10-3 10:44
为什么配体准备出来不对，奇形怪状的。

请确认原始配体的文件格式、结构是否正确。

beikwx · 发表于 2020-9-22 10:57:59

罗青发表于 2020-9-18 16:10
下载不了了呢？

网盘都能下，也可以去项目地址查看。

beikwx · 发表于 2020-4-11 18:15:02

这个论坛服务器不太稳定啊。贴一个软件截图

登录/注册后可看大图

一枚高手 · 发表于 2020-4-13 08:56:28

辛苦楼主！！！

吴藥师_nDg77 · 发表于 2020-4-13 20:44:18

厉害啊~收下了

biyiming23 · 发表于 2020-4-18 13:12:52

这个太省事了感觉，感谢感谢

wx_k1w1kQ50 · 发表于 2020-4-22 16:28:19

果断收藏

mambo · 发表于 2020-4-23 08:56:08

支持一下！

acetone · 发表于 2020-4-27 16:50:14

整合成一个脚本太棒啦，非常感谢！

菜徐坤的蔡 · 发表于 2020-4-28 12:45:22

楼主威武

guoniu35 · 发表于 2020-5-7 20:52:36

谢谢分享，很给力

帐号		自动登录	找回密码
密码			我想注册

[AutoDock&Vina] [SailVina]最终版本发布！Vina分子对接全套整合GUI

马上注册，结交更多好友，下载更多分子模拟资源。

评分

回帖奖励 +1 金币

回帖奖励 +1 金币

回帖奖励 +1 金币

回帖奖励 +1 金币

回帖奖励 +1 金币

回帖奖励 +1 金币


17 金币	回复本帖可获得 1 金币奖励! 每人限 1 次