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[其他] 关于mol格式批量转成mol2格式的问题

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发表于 2020-2-2 20:21:41 | 显示全部楼层 |阅读模式

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各位大佬,小弟在搜集化合物数据的过程中,收集到近千个mol文件,尝试用open babel批量输出,但是输出文件存在一些问题,所以结果不太理想,特来发帖求助,恳请大佬们支招解惑,谢谢大家!
发表于 2020-2-23 15:29:46 | 显示全部楼层
mol 是2D 结构, 可以通过RDKit 转换成3D 结构,然后再保存成 mol2。

RDKit 产生3D 相关算法介绍,见 RDKit中文教程

也可以尝试其他软件,openbabel 先产生3D 坐标再保存mol2。
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