生物分子模拟论坛

 找回密码
 我想注册

QQ登录

只需一步,快速开始

扫一扫,访问微社区

查看: 439|回复: 2

[Dock] 带小分子的蛋白与蛋白对接方法求助

[复制链接]
发表于 2019-12-14 14:12:10 | 显示全部楼层 |阅读模式

马上注册,结交更多好友,下载更多分子模拟资源。

您需要 登录 才可以下载或查看,没有帐号?我想注册

x
做靶点带有小分子蛋白-蛋白对接,但每次对接,软件都会把蛋白中的小分子默认去除后对接。即使将小分子与蛋白用共价键连接处理,仍然是蛋白-蛋白对接。
如何将小分子定义为蛋白的一部分,然后在于另外的蛋白对接?谢谢
 楼主| 发表于 2019-12-14 14:18:06 | 显示全部楼层
尝试过将PDB文件中HETATM改成ATOM,也是无法实现带有小分子对接。
发表于 2019-12-23 11:07:27 | 显示全部楼层
可以尝试用LeadIT软件中的FlexX分子对接,这个可以先选择蛋白和配体存在的情况下进行对接。
您需要登录后才可以回帖 登录 | 我想注册

本版积分规则

QQ|分迪科技|小黑屋|手机版|Archiver|生物分子模拟论坛 ( 蜀ICP备14009200号-3 )

GMT+8, 2020-8-14 10:52 , Processed in 0.056142 second(s), 22 queries .

Powered by Discuz! X3.4

© 2001-2017 Comsenz Inc.

快速回复 返回顶部 返回列表