带小分子的蛋白与蛋白对接方法求助

何成江 · 发表于 2019-12-14 14:12:10

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做靶点带有小分子蛋白-蛋白对接，但每次对接，软件都会把蛋白中的小分子默认去除后对接。即使将小分子与蛋白用共价键连接处理，仍然是蛋白-蛋白对接。
如何将小分子定义为蛋白的一部分，然后在于另外的蛋白对接？谢谢

何成江 · 发表于 2019-12-14 14:18:06

尝试过将PDB文件中HETATM改成ATOM，也是无法实现带有小分子对接。

moldesigner · 发表于 2019-12-23 11:07:27

可以尝试用LeadIT软件中的FlexX分子对接，这个可以先选择蛋白和配体存在的情况下进行对接。

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